這本書寫出來以後，本來是保存在宮裏的，世界上沒有出版。直到20世紀30年代，商務印書館才選出40種影印出版物，命名為《擇印不藏》。直到20世紀80年代，臺灣省商業公司才重新整理、影印並出版了原著。但只收集到161本，其余12本不翼而飛。
《萬偉別藏》是清代學者阮元幾十年來收集、整理、抄錄的。沒有副本，只有這個。那是《四庫全書》編纂之後，阮元在南方工作的時候，發現了大量《四庫全書》沒有收藏的善本。除了收藏壹些原著，他還雇人抄寫壹些精品，呈獻給皇帝。
萬偉別藏是故宮養心殿中嘉慶皇帝藏品的總稱。嘉慶皇帝非常珍惜這套書，取名“不藏萬偉”(據古籍記載，“不藏萬偉”是大禹收藏古籍的地方)。他還在每本書的扉頁上加蓋“嘉慶禦閱之寶”禦璽，命工匠制作100個楠木書架，精心包裝後陳列在養心殿禦書案後面的書架上。養心殿是雍正以來清朝皇帝日常辦公和居住的地方(雍正以前的皇帝住在幹青宮)。殿內禦案是皇帝審閱奏章的書桌，嘉慶在此收藏《萬偉別藏》，可見他對此書的珍視程度非同壹般。
另壹個說:嘉慶非常欣賞這些書，所以他在養心堂開辟了壹個角落來收集它們，並將其制成嘉慶皇家獎勵的寶藏，後來流傳下來。
考萬偉壹詞出自浙江紹興萬偉(舊稱會稽)。萬偉是會稽山的支脈，山上有壹個石室，所以也叫石室山。其山險峻，高聳入雲，又名天柱。爬的人需要爬樓梯。相傳於曾在此地得“玉”字，故此山亦稱“玉”。無論是石室還是玉稗，都與放置書籍的器皿有關，所以是書之冠。
蔡元培(1868-1940)是我國的教育家。1936年秋，蔡元培從故宮博物院贈給他150冊《萬偉別藏》，贈給廬山圖書館。這些古籍現在保存在廬山圖書館。
江蘇古籍出版社出版，卷號***120，被阮元記載為“文房四寶未收書”。