考古學家後來在銅山縣九宮山區的村民家中收集了特殊的金馬鞍，玉馬鐙和劍。尤其明顯的是，此事絕非空穴來風。這麽多人證物證，李自成在湖北通山縣九宮山被村民殺害，應該是確鑿無疑的。
但到了現代，關於李自成的最終結局，還有壹種更為神秘的說法:嘉善寺隱居論。順治初年，壹個叫張瓊波的官員，在去雲南的路上，經過湘西北利州石門縣的夾山寺。他和寺裏的老和尚壹拍即合，聊起了國事，十分投機。幾年後，升官回來的路上在湘西停留，再次拜訪老和尚，老和尚卻死了。嘆了壹口氣後，他的弟子對他說:？大人，妳知道我的老師是誰嗎？他是過去的國王。正是他的部將，身雙孫某某，當年死於九宮山？。
此後，很多人相信了李自成出家隱居在嘉善寺的傳言。據說國學大師章太炎曾去石門嘉善寺搜證。他在廟裏尋找自己的遺物時，發現了五首梅花詩。都說詩詞氣勢磅礴，豪邁豪邁，吞萬裏，帝王氣，絕不是壹般僧人的胸襟和腔調。據說在1981年，考古人員還在嘉善寺附近發現了壹座大和尚奉天玉墓，葬俗與陜北米脂相同。從此，？李自成戰敗後，禪隱於深山？這幾乎是壹個結論。
但這種說法仍存在諸多疑點和矛盾:雖然在和尚馮天瑜的墓中出土了骨灰盒等物，寺中也發現了幾首超凡的梅花詩，但這只能說明清末寺中有壹個叫馮天瑜的和尚，而不能斷定他就是大名鼎鼎的李自成。所以李自成沒出家反而意外身亡。