關於湖名的由來，眾說紛紜。坊間流傳最多的是“陷巢論”(“巢湖因潮州城陷落而得名”)，在湖區流傳千年，近代也有人沿襲。湖泊研究專家告知:“巢湖在晚更新世之後開始下沈，形成了湖泊的雛形。到晚更新世末期，湖泊的基本形態已經奠定。”(中國湖泊環境)2002年安徽省政府和國家環保總局聯合向國務院提交的《巢湖流域水汙染防治“十五”規劃》確認，巢湖“形成於約1億年前”。巢湖不是潮州城陷落形成的，“困巢”神話不可信。
這個說法來自於壹個流行的傳說:巢湖在古代是壹座城市，其居民因誤吃“小白龍”而遭到東海龍王的報復，城市沈入湖底，城中除了心地善良的焦木，所有人都葬身於這洶湧的湖中。
“湖型理論”是現代新興理論。辭海:“湖為鳥窩，故名。”《合肥概況》、《江淮風光》等地方文獻也是這麽說的。想象是誤傳，似乎很普遍。在古代，是誰爬上湖面，以湖的形狀來命名的？事實上，“鼎盛時期，巢湖比現在大三四倍，湖也深得多。”(《中國名湖》)“巢湖西至六安雙河鎮，北至合肥市，南與廬江縣白湖相連，面積2000多平方公裏。”(《中國湖泊誌》)當時是壹組湖泊，形狀不是“鳥巢”。怎麽能建立在看名字的推測上呢？