崇祀伏羲的歷史，悠遠而多彩，可是伏羲的真實面目究竟如何，乃至歷史上究竟有無這個伏羲，抑或是人格化的神還是神性化的人?所有這壹切，自"伏羲"之名首先出現於《莊子》、《易·系辭傳》等戰國時代的作品上以來，就長期籠罩在濃濃的迷霧之中。
有人認為伏羲是遠古時代的神祗，歷史上並無此人，而有關他與女媧兄妹成婚的傳奇，是先民對遙遠的原始社會血親婚俗的追憶和記錄。亦有人指實伏羲是父系社會帝王神話中的壹位帝王大神，而女媧應是母系社會的神祗，分別代表兩個不同社會發展階段的神，關於他們兄妹成婚的傳說，當是從比之更古老的盤古女媧神話流變而來。
對於伏羲在遠古神祗崇拜中的職能，人們也有爭論。如《太平禦覽》卷七八引《詩含神霧》、《水經註·瓠子河》、《史記·補三皇本紀》等古籍在敘述伏羲來歷時，稱天帝的女兒華胥在雷澤踩著了蛇跡(履跡)，因此懷孕而生伏羲。但陸思賢破譯說，"華胥"是農作物的籽種，"履跡"是把籽種撒在地壟裏，"伏羲"是籽種在土裏萌芽成長，"雷澤"是表示春天來到，萬物開始生長。因知"華胥履跡生伏羲"是壹則農業現象神話，伏羲為春神(《關於〈神話考古〉中的"新神話"》，《民俗研究》1998年第3期)。也有人從"帝女遊於華胥之淵，感蛇而孕"(《路史·後紀壹》羅蘋註引《寶櫝記》)的記載人手，認為伏羲是蛇神，旁證資料有東漢武梁祠石室有兩幅伏羲及伏羲女媧圖石刻，均為人首蛇神形象，其他如《帝系譜》等書描寫伏羲外貌時，作"人頭蛇身"、"龍身"、"麟神"等，故伏羲亦為龍神。也有人解"雷澤"為雷神，這壹來伏羲便成了雷神之子。淮陽地區還流傳有壹個故事：很久以前，雷神經常發怒，雷雨大作，導致河水泛濫，人畜被災。有壹位美麗的華胥姑娘為拯救百姓，自願陪伴雷神，從此風調雨順。後華胥生壹男孩，就是伏羲。還有人認為伏羲是太陽神，如何新指出，伏羲的本名應作溥曦，即偉大的"曦"神--太陽神(《諸神的起源》，三聯書店，1986)。可是也有人說，淮陽地區所保留的民俗資料說明，伏羲與太陽神毫無關系，但它是祖先神之壹。
認為歷史上確有伏羲其人的觀點自古即有，《帝王世紀》甚至將伏羲的出生地、所都之地、在位多少年都壹壹指出，謂其生於"成紀"，"都陳"，"在位壹百壹十年崩"。後人考證成紀在今甘肅天水，陳在今河南淮陽。今天水市還有伏羲廟等建築群，淮陽則有伏羲陵等古跡名勝。宋兆麟在綜合研究了古籍記載與民俗資料後得出結論：伏羲是遠古時代的傑出人物，是氏族部落首領、發明家和巫師。伏羲因生活在農業發明以前，可能對漁獵工具和技術的改進有過重大貢獻。從漢代畫像石上伏羲的形象看，伏羲呈人首蛇身，此形象說明當時已進入圖騰時代，處於母系氏族社會的早期。在當時生產力極端低下的條件下，人們依靠群體的力量而生存，氏族部落首領是血緣紐帶和群體力量的體現者，他們死後就成為氏族部落的祖先神和神話中的人物(《中國生育信仰》，上海文藝出版社，1999)。
相比而言，近現代學者中否定伏羲實有其人的觀點更占上風。有些學者指出造成確有伏羲其人這種誤解的主要原因，是由於壹些古代學者錯把神話當作了歷史，不過他們又認為通過對這些神話的梳理和研究，可以加深對史前社會壹般特征的認識。如呂振羽認為"伏羲"在時間上是魚畋經濟社會的反映(《史前期中國社會研究》，三聯書店，1961)；徐旭生則認為伏羲是上古時代苗蠻部落集團的壹個名號(《中國古史的傳說時代》，科學出版社，1960)；聞壹多著《伏羲考》，以為伏羲乃古代南方苗民的蛇圖騰；劉堯漢認為伏羲乃遠古時西北、西南山區羌戎虎氏族部落的圖騰名號或其首領名稱(《中國文明源頭新探--道家與彜族虎宇宙觀》，雲南人民出版社，1985)；朱炳祥認為"伏羲是壹個包羅萬象的文化符號"(《伏羲與中國文化》，湖北教育出版社，1997)，等等。