北大《儒藏》與川大《儒藏》區別主要為分類體系、整理方式等。
川大《儒藏》的分類體系前文已述及，而北大《儒藏》采用的是經、史、子、集四部分類法。目錄體例既殊，學術旨趣自然各異。川大《儒藏》為影印加點校與敘錄加提要，而北大《儒藏》為總目加精華編。其總目兼具專科目錄與版本目錄的性質，是其學術含量最高的部分。
而精華編則擷取群籍之精華，精擇底本，然後加以謄錄、標點和校勘，這是其難度最高、工作量最大的部分。毋庸諱言，北大《儒藏》精華編更適合現代人的閱讀習慣，但它在整理的過程中難免會產生壹些新的問題。
《儒藏》實施過程
《儒藏》工程規模浩大，絕非某壹單位可以單獨完成，而北京大學擁有組織該項目的諸多有利條件。北京大學研究力量雄厚，有著傳承中國文化的傳統，文、史、哲、考古、圖書館等人文學科具有很強的優勢。
北京大學集中了壹批從事儒學教學與研究的專門人才和著名學者，多年來已完成和出版多種有關儒學的著作，具有雄厚的古籍整理實力和良好的研究基礎。北京大學圖書館所收藏的古籍善本既富且精,可以為編纂《儒藏》提供約70%的圖書，並與國內外古籍藏書大館有著良好的合作關系，已同國家圖書館簽訂了《儒藏》編纂合作協議。
以上內容參考：百度百科—《儒藏》