2014年7月學院官網顯示，該校建有校級研究所7個。
校級研究所（7個）：
生物多樣性研究所、生物資源研究所、應用化學研究所、徽文化研究所、世界遺產研究所、經濟管理研究所、徽州方言研究所。 館藏資源
截至2013年12月13日，學校圖書館文獻資源總量180.7萬冊，其中紙質圖書126.7萬冊，電子圖書54萬冊；徽州文書80000余份；徽州地方誌、譜牒、地方古籍等6000余種，1.4萬余冊（件）；在訂中文現刊1186種，報紙94種。引進了超星數字圖書館、超星學術視頻、超星移動圖書館、中國期刊全文數據庫、中國優秀碩士論文全文數據庫、中國博士論文全文數據庫、萬方數字化期刊、中國學位論文全文數據庫、人大報刊復印資料全文數據庫、讀秀學術搜索、德國施普林格(Springer)數據庫、EBSCO數據庫等12個中外文數據庫，資料類型覆蓋期刊、圖書、會議論文、學位論文。
學術刊物
《黃山學院學報》創刊於1981年，是安徽省教育廳主管、黃山學院主辦的綜合性學術刊物。曾獲得安徽省高等學校優秀學報，全國高校優秀社科期刊等。