1966 年1 月，安徽大學政治系並入勞大。“文化大革命”開始，兩種教育制度的理論受到批判，“勞大”校牌被砸，並停招新生。1967 年1 月至1968 年8 月， 壹度改名為“安徽革命大學”。
安徽勞動大學從成立至1969 年，***培養半農半讀本科畢業生665 人（不含安大政治系並入的學生200 人）。學校制訂了體現半農半讀、耕讀結合的教學方案，全年教學、勞動、假期時間按“6·5·1”比例安排，重視教育與生產勞動相結合、理論聯系實際，在試行兩種教育制度、兩種勞動制度的理論，培養會體力勞動，又會腦力勞動，又紅又專的人才方面，作了有益的嘗試，並取得了壹定的效果。但是，在當時“左”的思想指導下，片面強調“半農半讀、農字當頭、耕字在先、讀字在後”，勞動時間安排過多，後期又受到“文化大革命”的沖擊，直接影響了教學質量和學生對基礎知識，基本理論的學習。
1969 年，在全省高校拆、並、遷中，原合肥師範學院政教系和安徽教育學院並入勞大，學校的半農半讀性質在批判中消亡。1971 年改為綜合性大學，仍設4 個系，擴大為哲學、政治經濟學、政教、漢語言文學、數學、物理、農學7 個專業。學制，政教專業學制二年，其余各專業學制三年。1975 年增設茶葉系茶葉專業，學制二年。
1977 年恢復高考制度，學校迅速發展。數理系分為數學系、物理系，各專業學制改為四年。1978 年始招哲學原理、政治經濟學原理2 個研究生班，學制三年。1979 年4 月起，先後將數學、物理2 系調給安徽教育學院，將政治、中文2 系分別調給安徽師範大學、安徽大學和安慶師範學院。1980 年始招農學專業四年制自費走讀生、農學實驗二年制自費走讀專科班。至1981 年底，在校學生達1399 人；教職工608 人，其中專任教師242 人。教師中有副教授14 人，講師94 人，教員2 人，助教132 人。這幾年擴大了校舍建設，充實了圖書儀器設備。在科學研究特別是哲學社會科學研究方面成果顯著，在全國性刊物上發表了數十篇有壹定學術價值的論文，在***運史、中***黨史、政治經濟學、《紅樓夢》、魯迅研究等方面嶄露頭角，參加編寫了壹些質量較好的統編教材和學術著作，出版了《西歐近代哲學史》（商務印書館1973 年版），在國內哲學界有壹定的影響。還出版發行了20 期《安徽勞動大學學報》（哲學社會科學版），受到普遍重視和歡迎。自1971年改為綜合性大學至1982 年，***培養本、專科畢業生3720 人（不含在勞大上學，後調給安大的政治系、中文系七七級畢業生近600 人，碩士研究生11 人）。
經過1979 年至1981 年的系科調整，安徽勞動大學主要保留了農學、茶葉等系科專業。1982年9 月，省人民ZF正式決定將勞大改為皖南農學院，主要面向沿江、江南地區辦學，適當兼顧全省，培養高級農業科學技術人才。1985 年發展到在校學生1003 人，教職工880人，其中專任教師168 人，教師中有講師51 人，教員2 人，助教115 人。***設4 個系、7 個專業，即農學系：農學專業；茶葉系：茶葉、茶葉技術2 個專業；農教系：農業教育、農業經濟管理2 個專業；經濟植物系：經濟植物、經濟管理2 個專業，建有基礎部及24個教研室、34 個實驗室、1 個電化教育室和1 個電視差轉臺。全院開設必修課50 門、選修課19 門、實驗課36 門。學制本科四年，專科二年。還建有農學試驗站、茶葉試驗站、氣象站和經濟植物園。
皖南農學院改設3 年來，在辦好本、專科的同時，還接受國家農牧漁業部農墾農工商總公司委托，代辦二年制的茶葉技術幹部專修班，畢業生享受大專待遇，不包分配；受安徽省委組織部委托，主辦副鄉長以上的農業行政幹部培訓班，培養懂行的農業基層管理人才。3 年內，已有本專科畢業生269 人。同期，獲省科研成果三等獎1 項，即“茶尺蠖核型多角體病毒特性應用研究”；發表學術論文30 多篇，並於1934 年始辦《農業教學與科研》期刊。學院占地面積945 畝（不含附屬單位），校舍建築面積50800 平方米。儀器設備等固定資產價值225 萬元。圖書館藏書40 多萬冊，其中外文書1 萬多冊，古籍近5 萬冊；訂閱期刊1000 多種，其中外文期刊300 多種。4 個閱覽室供師生閱覽用。另有附屬中（小）學、幼兒園各1 所，醫務室1 個，印刷廠和教學實驗場各1 個。農場擁有耕地3000 多畝，包括旱地400 多畝，水田1000 多畝，茶園1600 多畝，種植糧、茶等作物，除供學生教學實習外，年產於茶20 多萬斤。
1989年，皖南農學院整體搬遷至合肥市，更名為合肥經濟技術學院，現並入中國科學技術大學。