奇門遁甲是由九天玄女傳授於軒轅黃帝，後經歷多帶人改良形成。
關於奇門遁甲的起源，在古籍《秘藏通玄變化六陰洞微遁甲真經》、《軒轅本紀》、《煙波釣叟歌》等多有記載，大致為當年蚩尤作亂，黃帝頻戰不克，九天玄女授奇門遁甲術於軒轅黃帝，助黃帝以滅蚩尤。
《奇門遁甲》是中國古代術數著作，也是奇門、六壬、太乙三大秘寶中的第壹大秘術，為三式之首，最有理法，被稱為黃老道家最高層次的預測學，最高預測學，其本質是壹門高等的天文物理學，揭示了太陽系八大行星和地球磁場的作用情況。
應用
軒轅黃帝大戰蚩尤之時；當時我們的祖先黃帝和蚩尤在涿鹿展開壹前所未有的壹場大戰，蚩尤身高七尺，鐵頭銅身刀槍不入，而且會呼風喚雨；在戰場上制造迷霧，使得黃帝的部隊迷失方向。
在中國傳統文化中，奇門遁甲以易經八卦為基礎，結合星相歷法、天文地理、八門九星、陰陽五行、三奇六儀等要素，是中國預測學中集大成者、是易經最高層次的預測學，因此奇門遁甲自古被稱為帝王學。
古代使用奇門遁甲之術的賢聖們大多是治國平天下的軍師，如姜太公、範蠡、張良、諸葛亮、劉伯溫等。