由於裴註引書具有較高的文獻學價值，因此裴註引書數量和書目的考證成了裴註研究中的壹個重要問題，也是分歧最大的問題。錢大昕統計裴註引書“凡百四十余種，其與史學無涉者不在數內”，所列書名144種（《廿二史考異》卷十五）。趙翼統計裴註引書“凡〔百〕五十余種”，所列書名151種，亦為史部類數目（《廿二史劄記》卷六）。趙紹祖統計裴註引書“凡壹百八十余種”，另外，引諸經及諸子字書“又四十余種”（《讀書偶記》卷六）。錢大昭以時代，地理，人物，官制，類書，文章，別集，家傳，別傳為類，統計裴註引書160余種（《三國誌辨疑》）。沈家本將裴註引書“依《隋書 經籍誌》之例分為四部：計經部廿家，史部壹百四十二家，子部廿三家，集部廿三家，凡二百十家”（《三國誌註引書目》）。王鐘翰統計“裴氏註記所引諸書名，凡二百四五十種”，並按錢大昭的分類列書名256種（《三國誌裴註考證》，載《中國文化研究匯刊》第五卷，1945年）。王祖彜除“諸家評論與裴氏自註，傅子，袁子，孫盛，習鑿齒等論註以及引古書為詮釋者不計”外，統計“裴註征引之書凡百五十六種”（《三國誌人名錄?裴註引用書目》，商務印書館，1956年）。馬念祖統計裴註引書“二百零三種”（《水經註等八種古籍引用書目匯編》，中華書局，1959年）。楊翼驤統計“以裴氏所引書目全部而言，為二百壹十余種；若除去關於詮釋文字及評論方面的，則為壹百五十余種”（《裴松之與〈三國誌註〉》，《歷史教學》1963年第2期）。高秀英，楊濟安統計裴註引書203種（《三國誌人名索引裴註引書索引》，中華書局，1980年）。陳垣統計裴註“所引書在二百三十種以上”（《三國誌註引書目》，載《中國古代史論叢》第七輯，福建人民出版社，1983年10月，第331頁）。王樹民對趙翼的“裴松之三國誌註”條裴註引書進行了部分考證（《廿二史劄記校證》，中華書局，2002年修訂版）。周國林統計裴註引用書目為224種，其中“用於箋釋名物訓詁音義的先秦至東漢中期著作及其為之作註的和文字訓詁方面的著作***四十余種，用於補闕備異懲妄論辯方面的漢末迄晉著作***壹百八十余種”（《裴松之〈三國誌註〉引書考》，載《中國歷史文獻研究（壹）》，華中師範大學出版社，1986年）。高振鐸統計“裴松之註《三國誌》***引書二百三十六種”（《裴註〈三國誌〉引書考訂－－兼評〈廿二史劄記校證〉》，《漢中師範學院學報》1993年第3期）。虞萬裏統計裴註引書“二百三十五種”（《〈三國誌〉裴註引書新考》，《溫州師院學報》1994年第4期）。伍野春統計裴註引書凡229種，“另有十則未註明出處”（《裴松之評傳》，第250頁）。張子俠統計“裴氏***引書二百二十七種”。高敏曾與人合作《〈三國誌〉裴註引書考》壹文，統計引書達二百四五十種（《〈三國誌〉說略》，載《經史說略?二十五史說略》，北京燕山出版社，2002年，第87頁）。
元嘉六年（公元429年）奉宋文帝命為《三國誌》作註釋，以補缺、備異、懲妄、論辯等為宗旨，博采群書壹百四十餘種，保存大量史料，註文較正文多出三倍，開創了作註的新例。
裴松之紀念網
《三國誌》裴註引用書目
二畫
《九州島春秋》（司馬彪撰）
《九州島記》（荀綽撰。註：此書總名《九州島記》，則分為《冀州記》、《兗州記》等各篇）
三畫
《三輔決錄》（趙岐撰） 《三朝錄》
《三國評》（徐眾撰） 《山陽公載記》（樂資撰）
《山濤啟事》
四畫
《太康三年地記》
《文士傳》
（註：《曹休傳》註中說是張隱所撰，《荀彧傳》註中說是張衡所撰，《王粲傳》註中說是張騭所撰，待考）
《文章誌》（摯虞撰） 《文章敘錄》（荀勖撰）
《孔氏譜》 《孔融集》
《王氏譜》 《王朗家傳》
《王朗集》 《王弼傳》（何劭撰）
五畫
《世語》=《魏晉世語》（郭頒撰）
《四體書勢》（衛恒撰）
六畫
《江表傳》（虞溥撰） 《交廣記》（王隱撰）
《交廣二州春秋》（王範撰） 《先賢行狀》
《汝南先賢傳》 《任嘏別傳》
《列書》 《列異傳》
《決疑要註》（摯虞撰） 《百官誌》
《百官名》
七畫
《吳書》（韋曜撰。註：韋曜本名昭，晉朝史官避司馬昭諱改）
《吳歷》（胡沖撰） 《吳錄》（張勃撰）
《吳紀》（環某撰） 《吳質別傳》
《序傳》（司馬彪撰） 《阮氏譜》
《誌林》（虞喜撰） 《杜氏新書》
八畫
《辛憲英傳》（夏侯湛撰） 《典略》（魚豢撰）
《邴原別傳》 《明堂論》（蔡邕撰）
《抱樸子》（葛洪撰） 《東阿王辯道論》
九畫
《後漢書》（謝承撰） 《英雄記》
《兗州記》（註：即《九州島記》其中壹篇）
《風俗通》（應劭撰） 《胡氏譜》
《姚信集》
十畫
《晉紀》（幹寶撰） 《晉書》（王隱撰）
《晉書》（幹寶撰） 《晉書》（虞預撰）
《晉諸公贊》（傅暢撰） 《晉陽秋》（孫盛撰）
《晉泰始起居註》 《晉惠帝起居註》（陸機撰）
《益州耆舊傳》 《益部耆舊傳》（陳壽撰）
《益部耆舊雜記》（陳壽撰。註：此書應為《耆舊傳》之附錄）
《高貴鄉公集》 《高士傳》（皇甫謐撰）
《烈女傳》（皇甫謐撰） 《荀氏家傳》
《荀彧別傳》 《袁氏世紀》
《孫氏譜》 《孫資別傳》
《孫惠別傳》 《馬先生序》（傅玄撰）
《書林》（應璩撰） 《神仙傳》（葛洪撰）
十壹畫
《陳留耆舊傳》 《陳氏譜》
《曹瞞傳》（吳人所撰） 《曹公集》
《曹誌別傳》 《庾氏譜》
《郭氏譜》 《崔氏譜》
《陸氏世頌》 《陸氏祠堂像贊》
《陸遜銘》（陸機撰） 《啟蒙註》（顧愷之撰）
《通語》（殷基撰） 《異同雜語》（孫盛撰）
《異同評》（孫盛撰） 《異物誌》
《異林》（陸某撰）
十二畫
《華陽國誌》（常璩撰） 《華佗別傳》
《博物誌》（張華撰） 《博物記》
《嵇氏譜》 《嵇康傳》
《嵇康集》 《程曉別傳》
《費祎別傳》 《傅子》（傅玄撰）
《傅鹹集》 《張超集》
《逸士傳》（皇甫謐撰） 《搜神記》（幹寶撰）
十三畫
《蜀記》（王隱撰） 《蜀本紀》
《蜀世譜》（孫盛撰） 《楚國先賢傳》
《零陵先賢傳》 《會稽典錄》
《會稽邵氏家傳》 《虞翻別傳》
《楊都賦註》（庾闡撰） 《萬機論》（蔣濟撰）
十四畫
《漢紀》（張璠撰） 《漢紀》（袁宏撰）
《漢書》（華嶠撰） 《漢魏春秋》（孔衍撰）
《漢晉春秋》（習鑿齒撰） 《漢末名士傳》
《管輅別傳》 《趙雲別傳》
《裴氏家紀》（傅暢撰）
十五畫
《鄭玄別傳》 《潘尼別傳》
《潘嶽別傳》 《潘嶽集》
《劉氏譜》 《劉廙別傳》
十六畫
《冀州記》（註：即《九州島記》其中壹篇）
《戰略》（司馬彪撰） 《盧諶別傳》
《諸葛氏譜》 《諸葛亮集》（陳壽次定）
《諸葛恪別傳》 《機雲別傳》
《默記》（張儼撰） 《褒賞令》
十七畫
《襄陽記》（習鑿齒撰） 《鍾會母傳》
十八畫
《魏書》（王沈撰） 《魏略》（魚豢撰）
《魏紀》（殷淡撰） 《魏氏春秋》（孫盛撰）
《魏末傳》 《魏武故事》
《魏名臣奏》 《魏世籍》（孫盛撰）
《魏世譜》 《魏都賦》
《雜記》（孫盛撰） 《禮論》
十九畫
《廬江何氏家傳》
二十畫
《獻帝傳》 《獻帝記》
《獻帝春秋》（袁暐撰） 《獻帝起居註》
《譜敘》（華嶠撰）
二十壹畫
《續漢書》（司馬彪撰） 《顧譚傳》
二十四畫
《靈帝紀》（劉艾撰）
上所引書壹百五十六種，不包括引用古書以為註釋者。
附錄
1. 撰人著壹書以上者
荀綽：《九州島記》（《兗州記》、《冀州記》等）
魚豢：《典略》、《魏略》
習鑿齒：《漢晉春秋》、《襄陽記》
傅暢：《晉諸公贊》、《裴氏家紀》
傅玄：《馬先生序》、《傅子》
華嶠：《漢書》、《譜敘》
摯虞：《文章誌》、《決疑要註》
葛宏：《抱樸子》、《神仙傳》
何劭：《王弼傳》、《荀粲傳》
陸機：《晉惠帝起居註》、《陸遜銘》
王隱：《交廣記》、《晉書》、《蜀記》
皇甫謐：《高士傳》、《烈女傳》、《逸士傳》
幹寶：《晉紀》、《晉書》、《搜神記》
陳壽：《益部耆舊傳》、《益部耆舊雜記》、《諸葛亮集》
司馬彪：《九州島春秋》、《序傳》、《戰略》、《續漢書》
孫盛：《晉陽秋》、《異同雜語》、《異同評》、《蜀世譜》、
《魏氏春秋》、《魏世籍》、《雜記》
2. 同名著述
張璠《漢紀》、袁宏《漢紀》
幹寶《晉書》、王隱《晉書》、虞預《晉書》
作《後漢書》的範曄和裴松之同時，以年齡論，裴比範長二十歲，範死在宋文帝元嘉二二年（公元445年），裴死更比範後六年。兩人雖然生在同壹時期，同樣搜集史料，但他們運用史料的方法不同，範曄組織所得的史料編或後漢書，裴松之則用來註陳壽的三國誌。試取陳壽、範曄兩書中篇目相同的十六篇列傳比較，範書比陳書篇幅增多約壹倍，那些多出來的材料，大多是和裴註相同的。
裴註出現後，引來了許多評議，其中有褒有貶。劉知幾說：少期集註《國誌》，以廣承祚所遺，而喜聚異同，不加刊定，恣其擊難，坐長繁蕪。觀其書成表獻，自比蜜蜂兼采，但甘苦不分，難以味同萍實者矣。
“與劉知幾不同，贊譽裴松之者多從保存史料方面對裴註給予肯定。侯康說：“陳承祚《三國誌》世稱良史，裴註尤博贍可觀。”《四庫提要》作者對裴註有褒有貶，既認為裴註“嗜奇愛博，頗傷蕪雜”，又從積極的方面說：“然網羅繁富，凡六朝舊籍今所不傳者，尚壹壹見其崖略；又多首尾完具，不似酈道元《水經註》、李善《文選註》皆剪裁割裂之文，故考證之家取材不竭，轉相引據者，反多於陳壽本書焉。”關於以往史家對裴註的評價，楊翼驤先生在前引《裴松之》壹文中有詳細介紹，讀者可以參看。
以上對於裴註的評價反映了傳統史學批評的特點。評論者大多不能擺脫是與非、優與劣的思維框架。從史學史的角度來看待裴註，更應關註的是，歷來對史書的註釋都是從名物訓詁的角度著眼的，為什麽裴松之卻要發明出壹種新的註釋方式？劉知幾說裴松之“才短力微，不能自達”， 章學誠也說：“裴松之依光於陳壽，非緣附驥，其力不足自存也。”劉知幾、章學誠雖然都是傳統史學批評的大家，但這些分析卻有失水準，帶有很強的好惡色彩。所謂“不能自達”、“不足自存”，都是要從註釋家才智缺乏壹端求得解釋。
不帶偏見闡釋裴註出現原因的當首推陳寅恪先生。陳氏認為，裴註是受到佛教典籍“合本子註”的影響所致。他在《支湣度學說考》壹文中說：“中土佛典譯出既多，往往同本而異譯，於是有編纂‘合本’以資對比者焉。”《比丘大戒二百六十事》（原註：“三部合異二卷。”）雲：說戒者乃曰：僧和集會，未受大戒者出！僧何等作為？眾僧和聚會，悉受無戒！於僧有何事？答：說戒。僧答言：布薩。不來者囑授清凈說！諸人者，當說當來之凈！答言：說凈。陳氏解釋說：“據此，可知本子即母子。上列《比丘大戒二百六十事》中，其大字正文，母也。其夾註小字，子也。蓋取別本之義同文異者，列入小註中。與大字正文互相配擬。即所謂‘以子從母’，‘事類相對’者也。” 在《讀〈洛陽伽藍記〉書後》壹文中，他又進壹步發揮說：“裴松之《三國誌註》人所習讀，但皆不知其為合本子註之體。” 周壹良先生對陳說持懷疑態度。他在《魏晉南北朝史學著作的幾個問題》壹文中說：“裴松之、劉孝標、酈道元的註，多為補遺訂誤，而非字句出入，往往連篇累牘，達千百言。這與同本異譯簡單明了的情況有很大不同”，“恐怕未必與佛家合本子註傳統有何淵源吧？
陳寅恪先生的解釋是從史書編撰的的技術性角度入手的，既怎樣編撰更便於讀者閱讀。對此，周壹良先生的質疑是有力的。“補遺訂誤”才是裴註的本質所在，這與合本子註似乎沒有什麽關系。