由於多種原因，許多人對北京故宮文物藏品狀況不很清楚，有人以為好東西都到了臺灣，有的甚至說：“臺北有文物沒有故宮，北京有故宮沒有文物”，這顯然是誤解。當然，文物自有其本身的藝術價值和歷史價值，是不可以互相替代的。兩岸故宮的收藏本來就是壹個整體，有著很強的互補性，只有從整體上來看待，才能全面地認識中華文化的源遠流長和豐富多彩。
臺北故宮博物院文物是北京故宮博物院文物的壹部分，兩院只有合在壹起，才是壹個完整的故宮。兩院孰優?應該說是各有千秋，但都不完整。臺北故宮博物院70萬件藏品堪稱中國文化藝術之寶庫，北京故宮博物院超過了100萬件的珍藏同樣無人匹敵。遷臺的學者當時認為金石是最重要的，鼎是國家的象征，所以拿走了不少(2382件)青銅器；文人重視書畫，書畫本身也好運載，能拿的盡可能拿，***拿走了5424件。其中僅宋畫即達943幅，宋元山水畫系列可構成臺灣故宮博物院的極品特展。中國有君子佩玉之說，故玉器也拿走不少。陶瓷只拿走了壹部分，計17934件，但卻集中了北京故宮博物院各瓷器陳列室與敬事房的精品，可謂名窯畢備。著名的三希堂帖，北京故宮博物院藏有“三希”中的“二希”，而臺北藏有其中的“壹希”。郭熙的《早春圖》，現在臺北，北京沒有。北京有《清明上河圖》，臺北沒有。龍袍，中國歷代只有清王朝留下來的，當時的學者認為清朝的東西價值不大，沒有拿，所以臺北故宮博物院1件龍袍也沒有。
三十七年（1948）秋，國***戰爭形勢逆轉，故宮和中央圖書館、中央研究院史語所、中博籌備處決定挑選文物精品運往臺灣。該年年底，第壹批文物箱件由海軍載運駛離南京，抵達基隆。次年，第二批文物由商船，第三批箱件仍由海軍載運。故宮運臺文物***2,972箱，只是北平南遷箱件（13,491箱）的百分之二十二，但頗多精品。中博籌備處運臺的有852箱，也多是精品。
運臺圖書文物，政府成立國立中央博物圖書院館聯合管理處。聯管處將文物遷往臺中縣霧峰鄉北溝新建的山邊庫房存放，又開鑿防空山洞。聯管處時期，進行對文物的抽查、清點；接著從事整理編目，先後編印了多種書籍，並有小型陳列室對外開放參觀。其間也曾挑選精品前往美國，先後在華盛頓國家美術館等五處展出，先後在華盛頓國家美術館等五處展出，也參加過紐約「世界博覽會」。
故宮遷來臺北之後，陸續擴建數次，陳列空間逐漸擴大。五十七年（1968），又將圖書文獻從書畫組中劃分出來，使典藏文物單位由原來的古物、書畫兩組擴編為器物、書畫、圖書文獻三處。五十九年（1970），又在文獻處之下增設圖書館。其業務略舉大端：如對文物重新點檢、整理，詳細登錄；並且與其他機構進行合作交流。如六十年起協助臺灣大學歷史研究所增設中國藝術史組，這是臺大藝術史研究所的前身。該組作育出許多藝術史研究人才，部分並在故宮任職。六十七年（1978），與國史館合作校註《清史稿》，後由國史館整理增訂出版為《清史稿校註》。故宮也展開編輯和研究的工作，先後出版了多種期刊、專書、目錄，以及書畫、器物、善本古籍、清代文獻等書冊和裱裝畫軸、手卷等。故宮積極選派人員出國培訓、考察，及參與國際學術性活動。主辦數次國際性學術討論會，如五十九年（1970）的「中國古畫討論會」；挑選精品出國參展，在日本大阪的「萬國博覽會」和韓國漢城的「中國展覽會」，均大獲佳評。
蔣復璁任職十七年餘，至民國七十二年（1983）因病請辭，國民黨黨史會主委秦孝儀接任院長。七十三年（1984），故宮新建行政大樓啟用，器物、書畫與圖書文獻三處的文物大都移至新大樓地下兩層的庫房存放。正館陳列室加大，並作整體性的更新設計。庫房和展覽場所都建立恒溫、恒 、防火、防潮、防震的措施以及二十四小時防盜的安全監控系統。七十四年（1985），故宮舉辦六十周年院慶，並舉行學術演講和討論會。七十六年（1987），故宮正式成為行政院部會級的壹級機關。此期間故宮接受「摩耶精舍」之捐贈，成立張大千先生紀念館；並且營建「至善園」，八十五年（1996）新建圖書文獻館落成。
民國八十年以後，故宮挑選文物出國展覽。例如，是年美國華府的「探險時代的藝術」大展、八十五年至八十六年（1996－1997）美國的「中華瑰寶」巡回展覽、八十七年（1998）法國巴黎的「帝國的回憶」展覽。八十二年（1993），故宮開始與民間團體合作，借展西洋美術。例如，是年的「莫內及印象派畫作」特展；八十四年（1995）的「羅浮宮博物館珍藏名畫」特展；八十七年（1998）的「畢卡索的世界」特展。八十八年（1999）開始，借展大陸文物。例如，是年的「三星堆傳奇」特展；以及配合故宮「漢代文物大展」而商借的「馬王堆漢墓」和「南越王墓」的文物展覽。
八十九年（2000）五月，中央研究院院士杜正勝接任院長，以去政治化，回歸藝術文化本質經營國立故宮博物院，揭櫫本土、中華與世界兼具的多元文化觀，註重美的普世性，本乎人性，成就人文，不以國家民族之榮耀為限。壹年來他積極推動學術研究，舉辦定期小型研討會，配合展覽推出學術討論會，如「文學與美術學術討論會」、「清代檔案與臺灣史研究討論會」等，並邀請國內外學者專題演講。要求展覽深入淺出，以收教育之功效，舉辦「展前說明會」，邀請院內同仁、誌工與中小學教師提出看法與建議。
為解決本院長期存在的參觀動線混亂、館外人車雜 等問題，考慮臺灣特殊地質條件下的防震設施，強調以科技方法維護文物，以及本院未來更長遠的發展，規劃「故宮新世紀」建設計劃，提報行政院，分為五個子計劃，針對展覽空間,館外交通,文物維護及分院之發展設立，勾勒本院二十壹世紀發展的藍圖。
“兩岸故宮藏品，比起來哪家的多？哪家的精品多？”這是兩岸同胞乃至國際社會都不甚清楚而又很關註的壹個問題。可以肯定地說,北京故宮不僅藏品遠遠多於臺北故宮，而且總體上精品也多於臺北故宮。在比較前，我想首先說明三個情況：
壹是，故宮博物院成立之前，遜帝溥儀將1200余件書畫精品、古籍善本和大量珍寶盜運出宮。新中國成立後，其中相當部分重新回到了北京的故宮博物院，如《清明上河圖》、《韓熙載夜宴圖》、《五牛圖》、《伯遠帖》、《中秋帖》等。
二是，1933年故宮南遷文物***13491箱，部分文物南遷後，北平故宮本院所留文物相當多，也有不少珍品，淪陷期間還在繼續清點未曾登記的文物，並征集了壹批珍貴文物。南京政府曾下令馬衡院長選擇留平文物菁華裝箱，分批空運南京，馬院長雖將珍品編目造冊報南京，但以各種理由推延裝箱，後來壹箱也未運走。南遷文物後來運臺2972箱，占南遷箱件數的22%，當然多是精品。其實留下的78%精品也相當多。國民黨向臺灣運文物，因戰爭形勢突變只運了三次，第三次擬搬運1700箱，由於運輸艦艙位余地有限，加之僅有24小時裝船時間，結果只運出972箱，另728箱也留在了內地。
三是，兩岸故宮文物藏品構成上稍有不同。運臺故宮文物約60萬件，其中清宮檔案文獻38萬件冊，善本書籍近16萬冊，器物書畫5萬余件;加上抵臺後征集的文物，總計65萬余件。北京故宮原有明清檔案800萬件，善本特藏50多萬冊（件、塊），器物書畫100萬件，總計達960萬件。1980年明清檔案劃出，成立中國第壹歷史檔案館；又將包括部分宋元版書在內的14萬冊宮廷藏書撥交國家圖書館及壹些省市和大學圖書館。現北京故宮有藏品150余萬件，其中1949年後征集24萬多件，80%以上仍為清宮舊藏。