敦珠仁波切最馳名於世的是他的著述極其豐富、學理精確而透澈、見識博大精湛；並善於以詩歌、偈頌、華茂之詞藻，將佛教之壹切傳統、歷史、密乘法要、儀軌、以至如水晶般通明之「大圓滿」教授自然地顯露與展示。其它之著述如醫藥、星相、內明亦甚多，並撰寫了西藏的歷史。最風行者如「佛陀教法基礎」、「寧瑪教史」、「敦珠新寶藏」等二十五函，將其現世巖取之法要壹壹記錄。在二十五函中，敦珠仁波切特別收錄了戚操生紀多傑仁波切之兩份著作，認為是十分重要之著作，亦是唯壹向外收錄之著作。敦珠仁波切另壹項主要工作是鑒定、修正與編纂古代經典及現代的典籍，包括了寧瑪巴教傳派的全部典籍「寧瑪噶瑪」五十八函，與及敦珠寧巴所結集之典籍、論著與巖取法要等。全部***印行八十餘函，仍未印行者亦不少。其私人圖書館為藏土以外收藏寶貴手卷及典冊之最多者，所著之「寧瑪教史」至今仍為最具權威性之文獻，並已被譯成英文及漢文。（漢文譯本由福德法幢劉公銳之金剛上師翻譯，名為「西藏古代佛教史」。）很多寧瑪巴經典，以至孤本，如「蓮師廣傳」、寧瑪巴十萬續等，因敦珠仁波切將之收集、編纂並加以重印及弘揚而得以流傳後世，教傳之傳承亦因其恩德所致，弘揚及延續至今。