抗日戰爭爆發，李長年隨金陵大學西遷成都，在戰爭年代的艱苦環境中繼續學習。1938年完成了大學學業，獲得了金陵大學頒發的農學學士學位。大學畢業後，李長年應聘出任中央農業實驗所《農報》月刊主編。這個刊物是當時唯壹的全國性農業科技刊物，社址設在中央農業實驗所駐渝辦事處內。在這裏，能優先地閱讀到來自世界各國的農業書刊，並有機會與國內農業界的專家名流進行交流接觸，使初入社會的李長年學到了許多書本裏學不到的社會實踐知識。
這期間，李長年除了按期編輯《農報》雜誌外，還先後撰寫了《三年來西南衣食原料生產》、《三年來農業科學上的成就》、《敵（日）國農業政策的失敗》等文章，還翻譯介紹了英、美、法、德、蘇等國家的多種農業論著。 中國農業遺產研究室是1955年由農業部組織成立的農業史專門研究機
構，它的前身可以追溯到1921年金陵大學圖書館的農業史研究室，這是壹個有著豐富資料積累和深厚研究基礎的國家級研究單位。它的主要任務是總結中國幾千年來的農業生產經驗並探索其發展規律，為國家制定農業發展規劃提供歷史的借鑒和參考。該室成立之初，上級有關部門下達了系統發掘整理中國幾千年來的農業生產經驗的課題，農業遺產研究室接受了這項任務後，集中了研究室主要科研力量，從浩如煙海的史料中，精心挑選，細致考證，去粗存精，編輯了壹套《中國農學遺產選集》。李長年選編了該叢書中的《豆類》、《麻類》、《油料作物》等3個專輯。還為其他的專輯如《稻》、《麥》、《棉》、《雜糧》、《柑橘》等5個專輯做了審訂工作。在進行大型農業史資料叢書《中國農業遺產選集》上篇各專輯的選編工作的同時，李長年還參與了農業遺產研究室的另壹項更加宏大的中國農業史資料搜集與整理工程。在當時的研究室主任萬國鼎領導下，與全室研究人員壹道，分赴全國40余個大中城市，從100余家圖書館及部分私人書齋的4000余部古籍中抄錄出《農業史資料》613冊；另從現存的8000余部地方誌中摘錄出《中國地方誌農史資料》680冊。這批資料現仍以稿本形式收藏於中國農業遺產研究室內，被譽為舉世無雙的中國農業史資料大型孤本。多年來，國內外許多專家學者和研究生慕名前往中國農業遺產研究室查閱這批資料，利用它完成了大量的研究課題，取得了壹系列的研究成果，對推動中國農業歷史研究工作，促進國內外學術交流，起到了重要的作用。
在開展歷史文獻資料收集的基礎上，李長年參與了采用現代學術理論和方法，對中國農業歷史的諸多問題進行了系統深入的研究，受命出任《農史研究集刊》和《中國農業遺產選集》等論文專集的主編。在這些研究專輯中，李長年撰寫了《祖國的大豆栽培與利用》、《祖國的苧麻栽培技術》、《農業生產上的時宜問題》、《祖國的農場經營管理知識的整理與分析》等論文。1958 年，中國農業遺產研究室在新任主任陳恒力領導下，組織全室主要研究人員撰寫《中國農學史》。李長年出任該書上冊的主編，並具體承擔《山海經禹貢周禮等有關農學的調查研究》、《齊民要術在作物栽培原理上的發展》等章節的研究與撰寫。上冊書稿於1959年9月交由科學出版社出版。接著開始撰寫下冊。下冊書稿於1966年前夕已完成，直到1984年才由李長年修改定稿，送交科學出版社與上冊壹並重印出版發行。《中國農學史》上下冊雖然時隔近20年才得以出齊，但真正的學術成果經得起時代的洗禮和歷史的檢驗。該書壹經問世，就受到學術界的關註和好評，國內外許多知名大學指定為歷史類研究生的教學參考書，不少著名學者在他們的專論中引述了其中的史料和觀點。1985年，農牧漁業部授予《中國農學史》科學技術進步壹等獎。 在“文化大革命”的沖擊下，1970年，中國農業遺產研究室被撤銷解散。新中國成立初期組建起來的這個富有特色的國家級農業史研究機構，壹夜之間就零落四散了。李長年與他的同事們壹樣，被下放到“農場”、“幹校”參加生產勞動，不久又被安排到與農史研究毫不相幹的單位，從事與他的學術專長毫不相幹的工作，後來幹脆被遣返回家，賦閑清養。李長年後來回憶：“那時，我正值中年，精力充沛而無所為，虛耗了十年好時光，對壹個學者，這是何等可哀可悲的事情！”有幸的是，李長年家居時，上海科學技術出版社通過江蘇省有關部門，約請他編寫壹本適合社會壹般讀者閱讀的《農業史話》，他珍惜這個十分難得的機會，用最通俗易懂的語言和最翔實簡潔的資料，把上下壹萬年的中國農業發展史寫得生動有趣，如詩如畫。該書於1981年出版後，當年即再版重印，此後又多次印刷，壹度創下農業史圖書發行之最，中***臺灣省亦有翻印本行世。