現存最早的中醫古籍《黃帝內經》也有記載。如《素問?刺法論》指出：“五疫之至，皆向染易，無問大小，病狀相似……，正氣存內，邪不可幹，避其毒氣。”《素問?本能病》篇：“厥陰不退位，即大風早舉，時雨不降，濕令不化，民病溫疫，疵廢。風生，民病皆肢節痛、頭目痛，伏熱內煩，咽喉幹引飲。”指出溫疫具有傳染性、流行性、臨床表現相似、發病與氣候有關等特點，並認為只要“正氣存內”，就能“避其毒氣”。
東漢時期的張仲景在其著作《傷寒雜病論》的序言中說“余宗族素多，向余二百。建安紀年（公元196年）以來，猶未十稔，其死亡者，三分有二，傷寒十居其七。感往昔之淪喪，傷橫夭之莫救，乃勤求古訓，博采眾方。……”文中的“傷寒”，除了指外感熱病外，還包括了當時的烈性傳染病，可見當時溫疫流行之猖獗。
曹植《說疫氣》記載“建安二十二年（公元217年），癘氣流行，家家有僵屍之痛，室室有號泣之哀。或闔門而殪，或覆族而喪。或以為：疫者，鬼神所作。夫罹此者，悉被褐茹藿之子，荊室蓬戶之人耳！若夫殿處鼎食之家，重貂累蓐之門，若是者鮮焉。此乃陰陽失位，寒暑錯時，是故生疫，而愚民懸符厭之，亦可笑也。”描繪了當疫病流行的慘狀，並明確指出：“癘氣流行”，並非“鬼神所作”，而是“陰陽失位，寒暑錯時”所致。
建安七子之壹的王粲在《七哀詩》中也記載：“……出門無所見，白骨蔽平原。路有饑婦人，抱子棄草間。顧聞號泣聲，揮涕獨不還。‘未知身死處，何能兩相完？’驅馬棄之去，不忍聽此言。……”是當時淒涼情景的真實寫照。據史料記載，從漢桓帝劉誌，至漢獻帝劉協的七十余年中，記載有疫病流行17次。疫情連年，民不聊生，即使是士大夫們也未能幸免。如文學史上著名的“建安七子”中的徐幹、陳琳、應玚、劉楨也壹時俱逝。其慘狀可見壹斑。
晉朝葛洪《肘後備急方》對溫疫也有論述，認為“傷寒、時行、溫疫，三名同壹種。……其年歲中有癘氣兼挾鬼毒相註，名為溫病。”並立“治瘴氣疫癘溫毒諸方”壹章，記載了辟瘟疫藥幹散、老君神明白散、度瘴散、辟溫病散等治療、預防溫疫的方劑。
隋朝巢元方《諸病源候論?疫癘病諸候》認為疫癘病“其病與時氣、溫、熱等病相類，皆有壹歲之內，節氣不和，寒暑乖候，或有暴風疾雨，霧露不散，則民多疾疫。病無長少，率皆相似，如有鬼厲之氣，故雲疫癘病。”並認為嶺南地區的青草瘴、黃芒瘴等瘴氣也屬疫癘病範圍。並進壹步指出：“此病皆因歲時不和，溫涼失節，人感乖戾之氣而生病，則病氣轉相染易，乃至滅門，延及外人，故須預服藥及為法術以防之。”
唐朝孫思邈《千金要方?卷九?傷寒》立“辟溫”壹章，記載治療溫疫的方劑。
出於唐朝王冰以後的《素問》遺篇，認為溫疫與五運六氣變化異常有壹定的關系，故有金疫、木疫、水疫、火疫、土疫“五疫”及“五癘”之稱。說明古人已經意識到溫疫的致病原因不同於壹般的六淫外邪，而是壹種疫毒之氣。
金代醫家張從正《儒門事親?卷壹?立諸時氣解利禁忌式三》：指出“又如正二三月，人氣在上，瘟疫大作，必先頭痛或骨節疼，與傷寒、時氣、冒暑、風濕及中酒之人其狀皆相類。慎勿便用巴豆大毒之藥治之。……夫瘟疫在表不可下，況巴豆之丸乎。”對瘟疫的臨床表現、治療提出了自己的觀點。
元代醫家朱丹溪《丹溪心法?卷壹?溫疫五》：“瘟疫眾壹般病者是，又謂天行時疫。治有三法：宜補，宜散，宜降。”總結了溫疫的治療方法。
明朝醫家吳又可目睹當時疫病流行的慘狀，在前人有關論述的基礎上，對溫疫進行深入細致的觀察、探討。其所著的《溫疫論》是我國論述溫疫的專著，對溫疫進行了詳細的論述。認為“溫疫之為病，非風非寒非暑非濕，乃天地間別有壹種異氣所感。”指出溫疫的致病因子是“異氣”，又稱“疫氣”、“癘氣”“戾氣”等，是對溫疫病因的創見。
吳氏認為戾氣是物質性的，可采用藥物制服。雖然戾氣“無形可求，無象可見，況無聲復無臭，何能得睹得聞”，但它是客觀存在的物質，又進壹步指出“物之可以制氣者藥物也。”
戾氣是通過口鼻侵犯體內的。認為“邪從口鼻而入”，又感染戾氣的方式，“有天受，有傳染，所感雖殊，其病則壹”。
而人體感受戾氣之後，是否致病則決定於戾氣的量、毒力與人體的抵抗力。指出“其感之深者，中而即發，感之淺者，而不勝正，未能頓發”；“其年氣來之厲，不論強弱，正氣稍衰者，觸之即病”；“本氣充滿，邪不易入，本氣適逢虧欠，呼吸之間，外邪因而乘之”。
戾氣引起的疫病，有大流行性與散發性的不同表現。而戾氣致病又有地區性與時間性的不同情況。此外，由於戾氣的種類不同，所引起的疾病也不同，侵犯的臟器部位也不壹。認為“……為病種種，是知氣之不壹也”。並且還指出人類的疫病和禽獸的瘟疫是由不同的戾氣所引起的。
吳又可在《溫疫論》中，還創制了不少獨特的、行之有效的治疫方劑。《溫疫論》是我國醫學文獻中論述急性傳染病的壹部劃時代著作，至今仍可用來指導臨床，具有重要的歷史意義與現實意義。
清朝余師愚，著有《疫疹壹得》。其在吳又可《溫疫論》的基礎上，認為疫疹的病因是癘氣，指出“壹人得病，傳染壹家，輕者十生八九，重者十存壹二，合境之內，大率如斯。”並根據暑熱疫的病證特點，創立“清瘟敗毒飲”壹方，以重用石膏為主，為溫疫病的辨證論治開拓了新的境地。
綜上所述，中醫藥學在與溫疫長期的鬥爭過程中積累了豐富的經驗，有壹套較為完整的理論與臨床治療方法。應該充分發揮中醫藥治療急性傳染病的作用。[