到了南北朝時期，三官三院合二為壹，形成三天帝。
據《元初佛所撰三官寶書》記載，這三位皇帝的姓名和職務如下:
上元壹品福天官，魏紫帝；到了元朝，二品赦免了天官，和徐青皇帝；到了下壹個元朝，用三品解決水官和洞陰帝的問題。他又被稱為神仙，是三官人推薦的；下面壹個陌生人，卻拿著三個官銜，能救厄。
為了尊重這三位天帝，南北朝時期出版的各種道教書籍也用漢代流行的元氣論來描繪他們的神靈。《三元品解經》說上元天官轉玉清境界，上元三宮置青黃白三氣...主真自然，玉空，帝神，諸天之帝，聖神；元代二品官轉清，元洞精神雜糅，由黃之凝聚而成...五帝五嶽真人，各地神仙已成就道；到了下壹個元朝，三品水官調任太清，風韻之氣凝聚成了陳豪的精髓...主水帝，唐谷神王，九江水府河伯仙人，水中大神，仙人書。
據南北朝出版的《因緣經》記載，三官三皇的主要職責是在三元日檢視善惡，給予加持。正月十五日，上元宮主為天官魏紫皇帝祈福，同壹天學校就把他定罪了。7月15日，中原宮主徐青皇帝用二品七氣赦免了原罪。於是，同壹天，他降生於世，學校戒罪，受福。10月15日，元下水官扶桑皇帝以三品五氣解脫，於是壹同下凡，學校戒罪加持。《太上皇董璇靈寶三品誡功德經》和《太上皇玄女清三品誡刑妙經》都有記載，三官大皇帝設三宮三宅三十六曹考天下。元代出版的《太上洞神三元妙書·福壽開悟》三景篇說:三元帝任帝王，受校驗。每壹個神仙官，真人，神地，水母，三界，諸靈，王公大臣，都是善惡，都知道主人的事。相應的，各種天地三界十方，都歸三公大帝管轄。
三吏信仰在魏晉南北朝時期興盛，唐宋時期仍有其他思想。現存的商代天官除罪供詞、中代地方官除罪供詞和夏代水官除罪供詞均刊於唐宋。
舊社會有三官廟，三官殿，三官殿。以正月十五、七月十五、十月十五為三官生日。清·顧鐵青《賈青錄》卷壹雲:
第三天，學者們燒香，聚集在院子裏，為那些有偶像的人。縣(指——引者註)西棋子山有三官宮，施家供香。至日，舟楫多，香湖分外繁華。舉著燈籠，門口紅黑兩個字掛著‘三官大皇帝’，雲就能解決問題。或者有的人把香放在蠟燭用的小叉子裏，壹步壹步的拜山，說是拜香。