第壹，避難論。
人們認為，這麽多經書和遺書被藏在石室裏，並被密封起來，是莫高窟的僧人為了躲避戰爭，從戰爭中保存經書和遺書而存放的。這種觀點是最早的，持這種觀點的學者也很多。但是具體關門時間不壹樣。
最具代表性和最常見的說法是，宋初西夏人占領敦煌之前，千佛洞司夏寺的僧人在離開前將經書、佛像和雜書藏在洞中。戰後再回來用。誰知這些和尚再也沒有回來，也沒有任何消息，這個山洞也成了不為人知的秘密。
還有壹種說法是封閉時間定為宋紹聖年間(1094 ~ 1098)，認為藏經洞的封閉與伊斯蘭教東傳有關。當時信奉伊斯蘭教的哈拉汗王朝要求宋朝出兵攻打西夏。宋朝同意了。消息傳到敦煌，佛教徒驚慌失措，惶惶不可終日，於是采取保護措施，將千佛洞內所有的經書、佛像、文獻等堆砌起來，與世隔絕。
以及宋以後的(1049)、曹氏的閉關論、元初論、元末明初論等。，據說都是為了逃避戰爭。
第二，拋棄論。
人們認為這些經書和遺書是當時敦煌僧人遺棄的無用廢物。因為佛經很多，為了尊重佛經，這些用過的經書既不能丟棄，也不能焚燒，只好用這個石室把它們封起來。持此觀點的學者認為，逃避戰爭的論點自相矛盾，難以自圓其說。這是因為藏經洞內沒有完整的《大藏經》等珍貴物件，大部分都是零碎的卷和篇，有很多疑似和虛假的經書，甚至還有很多錯抄的廢卷和塗鴉，甚至還有作廢的文書和過期的契約。藏經洞關閉的時候，也就是曹宗壽年間(1002 ~ 1O14)，敦煌僧人已經請求大陸完成藏經。並向朝廷乞求壹部金銀藏經，以及用錦緞包裹、黃金題名的大乘經。如果是避難，那麽這些珍貴的東西自然應該珍藏在石室裏。為什麽不是整部大藏經，而是殘破的經書？所以，真正的原因不是避難，而是這些東西當時真的沒用了，被拋棄了。
第三，書庫改造理論。
持這種觀點的學者認為，大約在公元1000年，折紙卷軸已經從中原傳到了敦煌。因其易讀易攜帶，深受僧人青睞。所以，藏書樓裏的卷軸佛經和很多不方便使用的雜物都放在石室裏，關著。
藏經洞封閉的時間和原因眾說紛紜，至今仍無定論，需要進壹步挖掘旁證，解開藏經洞封閉之謎。