1，因其功能而得名
有些藥物是根據其作用特點命名的:如防風可防外感風，益母草可治婦科病，大風子可治麻風病，淫羊藿可治陽痿，石決明、決明子可明目，續斷可續筋續骨。
2、以氣味命名
有些藥物有特殊的氣味，所以根據其氣味特征來命名。有芒氣味的，如木香、藿香、丁香、茴香、乳香、沈香等。臭的有懸鈴木、臭牡丹、阿魏等。甜的，如甘草和甘松；苦的，如苦參、苦楝；辛辣的細辛、花椒；酸味的酸棗仁；鹹鹹的秋石；淡淡的味道是淡淡的竹葉；五味皆有者，如五味子。
3、以形命名。
很多中藥都有各種各樣的天然顏色，所以它們的顏色也可以作為命名的來源。如果是紅色，有紅花、赤芍、丹參、朱砂；白色的有白芨、白芷、白術、白薇等。黑玄參和烏梅；黃色的是黃連、黃芩、黃柏；藍色的是青黛、青蒿、大青葉等。
5.因其生長特性而得名
夏枯草葉在夏季至日後枯萎，半夏在盛夏成熟，夏天無進入夏季後枯萎，金銀花葉流連忘返，冬青葉特別寒綠，都是根據其生長特點命名的。
6.以藥用部分命名(最廣泛命名的藥材)
植物藥不同於根、葉、花、果、種子，動物也不同於皮、骨、臟器，所以其藥用部位可以命名。如以麻黃、葛根為藥用根，紫蘇葉、桑葉、荷葉、側柏葉均為葉，紫蘇莖、蓮莖、淫羊藿莖均為莖，萊菔子、白芥子、牛蒡籽為名。動物藥有刺猬皮、虎骨、熊膽、水獺肝、犀牛角、羚羊角等，均以其藥用部位命名。
7.以自然命名。
以藥物的原始性質命名，如急躁，其急躁是不正常的；肉蓯蓉不嚴厲，冷靜溫和；王不離行，行而不守；沈香重，麥輕佻，謂之浮麥。
8.以產地命名
如川椒、川芎、川貝、川楝子和川連。產於浙江，分布於杭州的有白芷、杭白菊；阿膠是用山東東阿縣阿井的驢皮加水熬制而成。河南懷慶產的牛膝最好，四川松潘產的川貝母最好。
9.命名名稱
以人名命名的多為傳奇；如《使臣名》後，相傳使臣郭治療小兒壞血病，經常服用此藥，方見效果；據何首烏傳說，何姓老人常服此藥，130歲頭發仍是黑色，故名；其他的還有矮牽牛、木通、杜仲、和劉。
10，外來藥品及音譯命名
從外國或少數民族地區進口的藥材，常加“番”、“胡”，如番瀉葉、胡黃連、胡椒；還有胡力勒、曼陀羅、阿芙蓉等譯名。
另外，還有壹個大的；小名，如棗、薊、大戟、八角、茴香、薊；因儲存時間長而得名，如陳皮、陳米；藥材珍貴、稀有或高效，名常佳寶，如馬寶、狗寶；高效的人如千禧健、鐵線蓮等。
根據其來源的不同，中醫的稱謂可以歸納為以下幾類:
◆以產地命名
如川連、川芎、川貝母等，都是因為主產於四川而得名。廣藿香、廣皮、木香產於廣東，建曲、建設澤瀉產於福建，茯苓產於雲南，關防己、關黃柏產於東北，故名。阿膠因產於山東省東阿縣而得名。字母石出自忻州，故名。蘇合香因產於古蘇聯而得名。
◆以藥物的生長形態命名。
如牛膝，因其多節的莖和腫脹的形狀而得名。人參，其根入藥，形似人形，故名。佛手，形狀像人手裏的手指，叫佛手。豬苓，根黑如豬糞，故名。金毛狗脊，其根部形似狗脊，毛發似狗毛，故名。其他如車前草、沈香、木通、丁香、馬兜鈴、連翹、兩面針、異葉巖黃芪、八角蓮、白頭翁等，都是以其形狀命名。
◆以藥物的生長特性命名。
比如農歷五月成熟的半夏，恰好是盛夏過半，因此得名。夏枯草因每年夏季至日枯萎而得名，金銀花因冬天不枯萎而得名，常青因四季常青而得名。冬蟲夏草因冬蟲夏草，成蟲體與菌座相連而得名。冬青種子，因冬天采摘其成熟果實而得名。
◆以毒品特有的氣味命名。
酸酸棗仁、甜甘草、苦苦參、辣細辛都是以其味道命名的。五味子，因其五味而得名，是“皮酸甜，核苦鹹”。魚腥草因其葉有腥味而得名，敗醬草因其特有的敗醬草氣味而得名。麝香、丁香、茄子、藿香、降香都是以氣味命名，臭魔、臭茉莉、梧桐都是以氣味命名。
◆以藥物的顏色命名。
很多中藥都有各種各樣的天然顏色，所以藥物的顏色也就成了藥名的來源之壹。比如紅色的有紅花、赤芍、丹參等。黃色的有黃柏、黃連、黃芩、大黃等。青色的是大青葉、青皮、青蒿、青黛等。白色的有白芷、白術、白芍、白薇、白芨。黑色有黑豆、黑醜、黑芝麻等。紫色的有紫草、紫花地丁等。
◆以植物、動物、礦物的藥用部位命名。
以花入藥的植物有菊花、洋金花、旋覆花等。蓮子、萊菔子、菟絲子、枸杞子等入藥；艾葉、紫蘇葉、竹葉和側柏葉被用作藥物。海風藤、首烏藤、雞血藤等。葛根、蘆根和山豆根用作根藥。牡丹皮、太極皮、五加皮、地骨皮等。木質部分被用作藥，如蘇木和竹茄子。動物的藥用部位有蟬蛻、牛黃、鱉甲、龜板、鹿茸等。入藥的礦物有朱砂、赭石、滑石等。
◆以藥物療效命名
防風能治各種風頭痛，澤瀉能祛濕，益母草能治婦科病，千年養生能“祛風延年”，遠誌能益智安神、強誌，骨碎補是治療跌打損傷、補骨斷片的重要藥物，故名。鐵線蓮因“威其兇性，靈仙言其功效”而得名。劉王的行為是催乳最重要的藥物。“性不可留，而不顧王命不可留，故名”。
◆以藥物發現者命名。
如南朝武帝綽號“寄奴”，人們稱這種藥為“劉寄奴”，是因為他們發現了壹種劍、槍、箭藥，壹塗就能治好。據說盤州閬中郭使使者治療小兒疾病，醫家後來稱此藥為“使者”。何首烏。被命名為“何首烏”，因為周順的和田二老了，沒有孩子。吃了這個藥，頭發胡子全黑了，老了，活了壹百多歲。
◆以民間傳說故事命名。
比如牽牛花，傳說是外地的人吃了這種藥就痊愈了，就以牽牛花命名。淫羊藿，陶弘景曰:“淅川北有壹淫羊，食此草而成”，故名淫羊藿。余余糧，
傳說大禹治水成功後，將余糧棄於河堤、丘陵上，後來成為澀腸止瀉止血的良藥，所以人們稱之為“禹余糧”。石榴，別名安石榴，相傳為錢出使西域後從安史帶回，故名。