區別：
壹、意思不同：
1、署：辦理公務的機關：專～。公～。官～。明·王鑒《仿巨然真跡圖》：“董宗伯（董其昌）所藏巨然真跡，今歸袁環中（袁樞）使君，昨在其署中出此相示。”
2、部：
（1）全體中的壹份：～分（“分”讀輕聲）。外～。腹～。局～。全～。～件。～位（位置）。（2）機關企業按業務範圍分設的單位：外交～。編輯～。～隊（軍隊）。特指壹個國家設在本國首都的中央政府（我國為國務院）旗下的分管某壹方面工作任務的機關單位∶中華人民***和國外交～。
（3）具有統屬關系：所～五十人。～下。～將。～屬。～首。～落（luò）。
（4）安置安排：～署。
（5）量詞：壹～小說。三～汽車。
二、代指不同：
1、“署”的稱謂主要是沿襲了傳統習慣，有的署是國務院組成部門（如審計總署），有的則不是（如海關總署）。
2、部是國務院的組成部門，和委員會統稱為部委，在加上審計署和中國人民銀行，他們同屬於壹個級別。
三、組詞用法不同
1、部：bù
組詞：部隊bùduì
(1)[(units of)the armed forces;army]∶軍隊。今稱有番號的軍隊。
(2)[unit;troop]∶軍隊的壹部分。
部分bùfen：[part;section;portion]∶整體中的局部；整體裏的壹些個體。
部件bùjiàn：[construction parts;element;part]機器的壹個組成部分，由若幹零件構成。
2、署：shǔ
組詞：部署bùshǔ
(1)[disposition;deployment]∶處理；料理
(2)[arrange;lay out]∶安排
四、規格不同，級別不同：
“部”、“總局”、“總署”壹般都是正部級(審計署也是正部級)，叫“局”只能是副部級。
五、區域名不同：為“中華人民***和國”的，大多都是國務院組成部門，如中華人民***和國教育部、文化部、公安部等。國務院組成部門中，只有中國人民銀行例外，區域名是“中國”。除了央行和審計署之外，組成部門的格級名都是“部”、“委”。