究竟漢字什麽時候從中國傳到日本沒有定論，不過壹般認為，漢字是於公元5世紀隨著壹些百濟佛教僧侶將中國的經書帶到日本而傳入的。這些經書的漢字當初是模仿中國僧侶的發音來讀的，不過壹套稱為“漢文”的書寫系統開始得以發展。漢文主要是中文文章插入日語獨有的助詞，讓日語使用者可以依從日語的語法去閱讀漢字寫成的文章。
當時日文並沒有書寫系統。後來發展出壹套源自《萬葉集》、稱為萬葉假名的表音系統，萬葉假名使用的是壹套指定的漢字，純粹假借它們的發音來表記日文詩歌。以草書書寫的萬葉假名後來演變成今日的平假名。當時不被允許接受高等教育的女性也能使用這套平假名來書寫日文。平安時代大部分的女性文學都是以平假名來書寫的。片假名也是從差不多的方式發展的：寺廟裏面的學生把漢字的其中壹部分分拆出來成為片假名，用來標註漢字的發音，還有漢文裏的日語助詞。
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隨著日文書寫系統得以成熟和發展，如今漢字用於大部分名詞、形容詞和動詞，而平假名則用來書寫動詞詞尾（送假名）、純日語詞匯、或者表記漢字難寫的詞匯。平假名也用於標記日本漢字的讀音（振假名）、和書寫給漢字水平不夠的人為對象的讀物，如小孩、日語學習者的書籍。
片假名則由於它的方形結構，用於象聲詞和外來語。片假名用來書寫外來語的習慣來的比較晚，外來語原先是用漢字書寫表意的，如“煙草”代表“タバコ”（tabako）。不過現在反過來有許多外來語詞匯正在代替壹般詞匯。有語言學家估計現今常用日語有3分之1是外來語及漢字英語。
另外值得註意壹點的是，雖然日本沒有像越南或是北朝鮮壹樣廢除漢字也沒有像韓國那般減少漢字的使用頻率，但近幾年來日本年輕人的漢字水平參差不齊，甚至有些人到高中後連漢字也不會只能寫出用假名來代替漢字的詞匯。