(1)不同參保人:職工醫保主要指參保人在用人單位工作時，由用人單位和職工雙方繳納的醫療保險，主要指在單位工作的職工；沒有固定工作的靈活就業人員也可以選擇參加職工醫保。
城鄉居民醫保是指參保人不在特定用人單位工作，也不是無固定工作的靈活就業人員。被保險人可以選擇參加。比如老人、孩子、學生、沒有工作的城鎮居民和農村居民都可以購買城鄉居民醫保。
(2)繳費不同:職工醫保是單位開設的醫保賬戶，代扣代繳。繳費基數由單位如實申報，範圍壹般為上年度全省全口徑城鎮單位在崗職工年平均工資的80%-300%。至於繳費比例，通常是單位占大頭。單位繳納的水平壹般是6%-8%，職工繳納2%。
城鄉居民醫保要求參保人按年自付費用，特殊困難人員由相應部門按規定資助。根據國家要求，2021城鄉居民醫保個人繳費標準不低於280元/人/年，財政補助不低於550元/人/年。
(3)待遇享受不同:由於職工醫保籌資水平高，壹般醫保報銷水平也比較高。此外，職工醫保設立個人賬戶，可在藥店和門診購買藥品或看普通門診。城鄉居民醫保不設個人賬戶，實行普通門診統籌制度。