《夜雨秋燈錄》1877年（光緒三年）由上海申報館刊行，八卷，為上海申報館仿聚珍版印，是為真本。該本問世不久，即遭串改，造成《夜雨秋燈錄》長期贗本流行，中國學術界直至20世紀末，才理清端倪。但現仍有以贗本為依據的出版物流行。考其源流，贗本系統較為復雜，但大致可分為兩種。 第壹種贗本 《夜雨秋燈錄》的第壹種贗品為113篇本，或分為三集十二卷，或分為上下編，但所收113篇則篇目皆同，以《筆記小說大觀》本和《淸代筆記叢刊》本為祖，其它皆源自此二本。以三集十二卷為例，其中真正屬於真本的，是前二集八卷的55篇作品，取自真品第壹、三、五、七卷，僅缺卷三的《父子同日成婚皆元配》，而在篇目上則打亂了原書的順序；其第三集的四卷58篇，則來自長白浩歌子、吳熾昌等人的筆記。 這種贗本為數眾多，包括：
《筆記小說大觀》本：1912年上海進步書局，兩冊，分初集四卷，續集四卷，三集四卷，線裝，石印本；該本後又有上海大達圖書供應社1935年鉛印本，江蘇廣陵古籍刻印社，1995年影印本。《淸代筆記叢刊》本：1912年上海文明書局，線裝，石印本，第121-124，初集四卷，續集四卷，三集四卷。文明書局1922年再版，篇章體例同。上海錦章圖書局1915石印出版《夜雨秋燈錄》，分六冊，配有插圖。許慕羲批評標點本：上海廣益書局1933年續版，***214頁。許還評點大達圖書本，***213頁。胡協寅校勘、上海廣益書局1930年本：***150頁，有插圖，書名前冠“繡像仿宋完整本”。新文化書社本：新式標點，分《夜雨秋燈錄》為上下編，由何銘標點，1933年本，兩冊。另外還有沈鶴記書局本、大壹統書局本、啟智書局本等。 第二種贗本 《夜雨秋燈錄》的第二種贗本為172篇本。主要有商務印書館本，***286頁，32開，壹***分四集十六卷。前三集十二卷的內容與第壹種贗本相同，***收宣鼎原作55篇；第四集四卷則是真本的第二、四、六、八卷，***計59篇。這樣，此本***收宣鼎原作114篇（即收錄除《父子同日成婚皆元配》之外的真品的全部作品），贗作58篇，來源同第壹種贗本。該本前有署為“光緒二十壹年秋七月之吉梁溪叔言沈家珍書於海上”的序壹篇，全文於”蔡爾康光緒三年序”只字不易，自相矛盾，顯屬冒名的贗品。 20世紀末，學術界澄淸了《夜雨秋燈錄》版本問題上的混亂。侯忠義、劉世林1988年的《中國文言小說史稿》、張俊1997年《淸代小說史》和陳文新2000年《文言小說審美發展史》均以真本（申報館叢書本）為依據。
然而，因長期受復雜版本系統影響，壹些出版社亦出現依據贗本點校整理而刊行的，如《夜雨秋燈錄》的嶽麓書社1985年版，黃山書社1986年版，齊魯書社1986年版（2000年再版），重慶出版社1996年版，遼沈出版社1993年版，北京中國戲劇出版社2000年版，北京出版社2000年版，北京大眾文藝出版社2003年版。均系以三集十二卷贗本為依據。
也為依據真本出版的，如上海古籍出版社1987年恒鶴（曹光甫）點校本、長春時代文藝出版社1987年宋欣點校本、上海古籍出版社1995年曹光甫等譯的《白話全本夜雨秋燈錄》、哈爾濱黑龍江人民出版社1997年版、合肥黃山書社1999年項純文校點本，等。（註：以上版本均系是《夜雨秋燈錄》和《夜雨秋燈續錄》合輯）