南京博物院占地13萬多平方米，格局為“壹院六館”，即歷史博物館、專題展廳、數字博物館、美術館、非遺博物館、民國博物館。此外，全院設有考古研究所、文物保護研究所、古建築研究所、展覽藝術研究所、非物質文化遺產保護研究所、古代藝術研究所等六個研究部門，並有中國博物館唯壹的國家民俗學研究機構。
截止2010年，南京博物院擁有各類藏品42萬余件(套)，數量居全國前三，從舊石器時代到現在。既有全國性的，也有地域性的；不僅有宮廷傳世品，還有考古發掘品，還有壹部分是社會收藏和捐贈的。它們是歷代的瑰寶，引起了國內外學術界的關註。青銅、玉器、陶瓷、金銀器皿、竹木牛角、漆器、絲綢刺繡、字畫、印章、銘文、雕像等。都有，每個品種都有自己的歷史系列。
南博的藏品壹部分來自中央博物館籌備處，另壹部分來自建國後的考古發掘、收藏、購買、捐贈、接收和交換。
收藏品從舊石器時代到現代，包括石器、陶器、玉器、青銅器、瓷器、字畫、編織和刺繡、竹木牙雕、民俗和當代藝術品等。
2007年，經過專家評選和公眾投票，南京博物院的18件“鎮館之寶”被評為：
鎮守之寶——金獸
這件西漢時期的金獸，是1982年正月初七，盱眙縣馬湖店村的壹個農民把水渠挖完整時發現的。它高10.2厘米，長16厘米，寬17.8厘米，重9100克，含金量為99%。它是中空的，壁很厚。它被鑄造成型。這是迄今為止中國出土文物中最大、最重的金器。這是壹件罕見的將金屬鑄造和錘打技術完美結合的物品。它是
禦窯之寶--釉中三友紋紅梅瓶。
明洪武釉裏紅、老、寒、三友紋梅瓶是明代陶瓷器皿。1957年3月出土於南京市江寧區東山橋香龍山墓。
作為國寶級文物，是現存唯壹壹件有蓋、保存完整的洪武琉璃紅梅瓶。這個梅瓶造型很漂亮，而且造型完好無損。老寒三友是指松樹、青竹、梅花三種常綠植物，象征誌存高遠。
天之寶——雕刻人、鳥、獸的玉飾
昆山市昭陵山遺址77號墓於1991年出土了雕刻人、鳥、獸的玉器。昭陵山，位於昆山市張浦鎮西南，屬於長江三角洲太湖水鄉新石器時代遺址。
這件裝飾品出土時，被放在墓主人右腳下石堆的壹個圓孔裏。從現場遺留的朱砂顏色、捆綁痕跡和朱砂花紋痕跡來看，石月原是壹種提手器。作為壹種由武器演變而來的禮儀器具，拍品顯示了墓主人生前的軍事權威。
通過人、鳥、動物雕刻而成的玉飾，應該是霰上的附加飾品，具有極高的歷史價值和技術價值。是中國出土時代最早的精美的人、鳥、獸雕刻，是良渚先民連接神靈、彰顯權威的神秘象征。
珍貴的寶物——金蟬玉葉
1954年，在蘇州五峰山博士塢明代進士張安夜家墓地14號墓的發掘中，考古人員驚奇地發現了出土的這塊金蟬玉葉
1976年，宜興周處家族墓土堆中出土了西晉青瓷神獸像。尊神獸造型略呈梨形，肩腹兩側有三條橫線，上下較小，作品造型排列整齊，平底略凹。這件青瓷神獸，體積龐大，神態驚艷，紋飾飽滿，造型獨特，具有西晉瓷器的典型特征。這是中國最早有銘文的瓷器之壹。
保護之寶——銀玉衣
國內發現的唯壹壹件銀質玉衣，1970年在徐州東漢彭城王劉公後人墓中出土。玉衣全長1.70米，玉片2600余片，銀線800克左右，形似金玉衣。這是漢代第壹件玉衣，經過考古發掘，科學修復，保存完好。
祭祀之寶——人面獸面玉琮
人面獸面玉琮是壹件新石器時代的玉器，由透閃石軟玉制成，呈乳白色，帶有隱約可見的綠色和紅色赭石紋。形狀是壹個短的方柱體，外側內圓。這些孔是從兩邊鉆的，表面光滑。
也是新石器時代良渚文化玉雕工藝的精美傑作，是良渚人原始宗教信仰最鮮明的標誌。
鴻臚之寶——鍍金喇嘛塔
20世紀50年代，牛首山紅覺寺塔地宮出土了壹座鍍金的藏式佛塔。這是明代佛教工藝的傑作，也是國內唯壹出土的“迷妳”鍍金喇嘛塔。
這個鍍金的喇嘛塔很漂亮，還有獸角，瓷罐，玉瓶等。在喇嘛廟周圍。塔內有四扇壺門，包括釋迦牟尼和韋陀的佛像，上面有相輪、十三天、寶蓋、寶珠等。內須彌塔上有壹組佛像，須彌塔裏藏著珍珠、寶石、水晶、瑪瑙、玉石、骨灰等東西。整個鎏金寶塔置於壹座紅砂巖雕刻的須彌山基座上，四面雕刻有胡人獻寶、二獅戲球、二鹿戲、龍渡驚濤的圖案。塔下鐫刻：“金陵牛首山鴻覺寺永久填平供養”，背面為“佛弟子欽差太監西門李福善獻”。
水墨之寶——徐偉《雜花圖卷》
是明代傑出的畫家、書法家、文學戲劇家徐渭創作的書畫作品。是中國古代寫意花鳥畫的代表作，無愧於“天下第壹徐青藤”的美譽。
畫卷長達十余米，徐渭生動地展示了牡丹、石榴、荷花、梧桐、菊花、南瓜、扁豆、紫薇、紫藤、芭蕉、梅花、蘭花、竹子等13種花果。有各種各樣的筆法和技巧，如焦墨、潑墨和積墨。
光之寶藏-錯銀青銅公牛燈
錯銀銅牛燈是東漢青銅器。1980年江蘇省邗江縣甘泉2號東漢墓出土。在漢代青銅燈中，它是將實用性、科技性和藝術性完美結合的頂級作品，其環保意識和設計領先西方國家壹千多年。
青銅燈由燈頭、燈座和煙管三部分組成。燈座是壹頭低頭站著的牛，犄角駝著。牛的肚子是空的，它托著壹個圓形的燈盤。燈板的壹側設有扁平手柄，便於旋轉燈板。盤體采用兩個柔性燈罩裝飾，其中壹個燈罩壹會兒鏤空菱形斜方形，起到散熱、擋風、調光的作用。
壽山福海青花瓷爐。
明宣德青花壽山福海紋瓷爐是南移的文物。是明代宣德禦窯瓷器的巔峰之作，也是同類中唯壹品相較好的。
雖然有n
這尊佛像由高純度黃金制成，高88厘米。佛身和蓮花座都裝飾華麗，鑲嵌著珍珠和寶石，雍容華貴，充滿皇家氣派。應該是清代鼎盛時期宮廷中能工巧匠所制，代表了清代宮廷雕塑技術的最高水平。
地圖寶藏-利瑪竇《雜花圖卷》
755-79000是中國現存最早的美洲世界地圖，由太仆寺邵青李之藻繪制。這張地圖非常詳細地描繪了中國的地理。李誌造增加了大量關於中國的地理信息，超出了其他國家的描述，對中國省份和重要城市都有詳細的標註。該地圖還描繪了中國的主要山川，如黃河和長江，詳細顯示了它的發源地和流動省份。此外，還提到了世界著名的河流，如幼發拉底河、尼羅河、伏爾加河和印度河。
家中之寶——鑲有動物形銅盒的鍍金青銅硯
1970年徐州土山墓出土鑲有動物造型銅盒的鎏金青銅硯。墓主人是東漢某代彭城王，書房難得的實用硯。其獨特的構思和精湛的工藝代表了漢代制硯技術的最高成就。
銅盒硯臺長25厘米，寬14.8厘米，高10.2厘米。銅盒硯整體造型形似蟾蜍，頭上有角，身上有翅，眼大，四肢蹲伏。在當時它是壹種吉祥的動物。這塊硯臺用紅珊瑚、青金石和綠松石鍍金。
信仰之寶——廣靈王茜金印
1981年，江蘇邗江甘泉山2號東漢廣陵王墓出土唯壹壹枚漢代劉姓王金印。它與王典和日本奴隸王銀的印章是姊妹印，具有極高的歷史和藝術價值。
印章由高純度黃金制成，呈金黃色，重122.87克。印面長2.375厘米，寬2.372厘米。龜鈕，鈕高2.121厘米，臺高0.945厘米，龜鈕精美，紋飾精美，篆書“廣陵”刻陰。布局疏密典雅，線條直曲，流暢和諧，堅挺飽滿。整個印刷設計精美，制作工整，堪稱漢印之最。
刺繡之寶——神手繡《坤輿萬國全圖》
是壹件民國刺繡，是刺繡國手沈壽的作品。此作品以文藝復興後期意大利畫家奇特的油畫《耶穌肖像》為藍本，創造性地運用了虛針、螺旋針等新針法，並根據人物皮膚肌理的需要和油畫明暗層次的變化，精心挑選了100多種不同顏色的絲線自行染色，使這幅《坤輿萬國全圖》刺繡生動逼真。
天道之寶——錯金錯銀重纏銅鍋
1982年2月10日，在盱眙南姚莊出土。那是壹件珍貴的青銅兵器，是中國古代諸樊公益的傑作。
銅壺上有三個銘文，分別位於口內、圈足內、圈足外。銅壺造型宏偉，紋飾華麗，是現存唯壹能融合先秦金屬工藝、反映重大歷史事件、反映最高水平泥塑技術的青銅器。
畫像之寶——竹林七賢磚畫
整幅磚畫長約4.8米，高0.8米。在南京西山橋壹座南朝墓中出土。它是中國最早、最好看的大型人物磚畫像，是南朝帝王陵墓的裝飾壁畫，也是20世紀中國百項考古發現之壹。
這幅畫由200多塊古墓磚組成，分為兩塊，壹塊是嵇康、阮籍、單濤、王戎的，壹塊是湘繡、劉玲、阮鹹、容琦的。人物隔著銀杏、松樹、垂柳。大家席地而坐，但每個人都呈現出最能體現自己個性的姿態。士紳知識分子自由、崇高的理想人格，在這塊畫像磚上得到了充分的展現。