而其時太史令傅奕以傳統儒家的立場出發，於武德七年(624)，上《請除去釋教》疏中說："佛在西域，言妖路運；漢譯胡書，恣其假托。故使不思不存，削發而揖君親；遊手遊食，易服以逃租賦。演其妖書，述其邪法，偽啟三途，謬張六道，恐嚇愚夫，詐欺庸品。凡百黎庶，通識者稀；不察根源，信其矯詐，乃追既往之罪，虛規將來之福；布施壹錢，希萬倍之報；持齋壹日，冀百日之糧。遂使愚迷，妄求功德；不憚科禁，輕犯憲章。其有造作惡逆，身墜刑網，方乃獄中禮佛，門誦佛經，晝夜忘疲，規免其罪。且生死壽天，由於自然，刑德威福，關之人主。乃謂貧富貴賤，功業所描，而愚僧矯詐，皆雲由佛。竊人主之權，擅造化之力，其為害政，良可悲矣廣顯而易見。"李淵於武德九年便下令“以京師寺觀不甚清凈”為由，下詔沙汰僧尼道士。歷數佛教徒的種種罪惡，對道教徒則輕描淡寫籠統謂之“馳驅世務，尤乖宗旨”；最後規定：“京城留寺三所，觀二所；其余天下諸州，各留壹所，余悉罷之。”此舉表面對佛道兩教都進行沙汰，然而當時佛教徒和寺院的數量遠較道徒及道觀多，實際上是打擊佛教，扶持道教。唐初的佛教徒及寺院之多，實和隋朝的崇佛政策有關，而隋未唐初戰亂之時，百姓紛紛進入寺院躲避戰亂，也形成此原因。
唐初統治者並非意欲徹底打擊佛教，三教並用為意識形態實有利於唐的統治，而打擊佛道雖然有利於儒家的發展，但對統治者來說則是不利，所以此詔令僅兩月之余。而當時下詔，並非全因太史令傅奕的上書，實是由於寺院經濟的惡性膨脹，以及寺院內部的混亂等，所以不能不對佛教的發展加以遏制。當時儒佛的沖突甚是激烈，傅奕的上書，也引起中書令及佛教徒等的反對，佛教徒明概於《決對傅奕度佛僧事》中說："釋迦憫斯塗炭，哀其沈溺，陳經敦勸善以誘賢，制戒律禁惡以懲罪，皆令息妄歸真，還源返本。"佛教不僅是為了治天下而產生，而且其功能也並不比儒學差，"比手中原之地，上古之初，世樸時淳，書契未作，民澆俗偽，典籍方興。故周公不出於上皇，孔子唯生於下代，制禮作樂，導俗訓民，致治興風，匡時救弊，皆欲令止澆息競，返素還淳，出於釋迦，其揆壹也。"反對排佛之事。並當時由於崇道而規定道士於僧尼之前，也引來佛道兩教的沖突，但由於唐皇室始終支持道教，佛教在當時是次於下風。李淵死後，李世民即位。道佛二教仍互相排擠，彼此都想壹教獨尊，而唐初社會上仍有重佛輕道的積習。李世民為使“尊祖之風，貽諸萬葉”，遂於貞觀十壹年（637）繼李淵之後再次下詔，規定道士、女冠在僧尼之上，宣稱：“大道之行，肇於邃古，源出無名之始，事高有外之形，……，至於稱謂，道士女冠可在僧尼之前。庶敦本之學，暢於九天；尊祖之風，貽諸萬葉。”這份詔書顯然是崇道抑佛的命令。因此，佛教徒智實、法琳、法常、慧凈等人上表力爭，李世民宣敕嚴誡，眾僧唯智實固執不奉詔，乃遭杖責於朝堂，次年病卒。這是唐代道佛二教互地位高低，道教在政治上得到李唐皇室支持，而取得第壹次優勢的地位。貞觀十三年，道士秦世英又控告法琳毀謗皇宗老君，李世民派人嚴行拷問，將其流放益州，後死於途中，再次給予佛教徒以沈重的打擊。而李世民並非壹意排除佛教，李世民的意圖出發點仍是基於政治上的利益，並非盲目的尊道排佛，如貞觀十五年文成公主入藏，帶去漢傳佛經、佛像；再如貞觀十九年，玄奘西行至天竺取經，實是偷渡越禁之舉，而李世民並未就此降罪，反而令住錫西京弘福寺，壹切經費由國家供給，並親賜瑜伽師地論之序，即大唐三藏聖教序，成就玄奘譯經偉業及千秋功名，也奠定自唐至宋千百年來的佛教弘化基礎。
高宗李治，壹無能之君，即位之初，政權執掌在長孫無忌、諸遂良等貞觀老臣之手，繼續奉行貞觀遺留下來的崇道抑佛政策。永徽五年（654），他從尼寺裏召太宗時的才人武則天入宮為昭儀。次年廢皇後王氏，立武則天為皇後，並參預朝政。雖然李治無甚作為，但他對道教仍是致力固化，上元元年以《老子》為上經，令王公百僚皆習，並將其列為科舉取士的考試內容；再令道士隸宗正寺，班在諸王之次，唐代的宗正寺是管理皇室宗族事務機構，將道士歸它管理，即視男女道士為自己的本家。並對李世民留下來的統整儒家經典的政策繼續發揚。而李治後期，武則天實際掌權，玄奘等佛教徒要求調整佛道的順序，於上元元年（674）李冶下詔佛道"不須更為先後"。
高宗死後，中宗繼位，武則天臨朝稱制，連廢中宗、睿宗，於天授元年（690）即帝位，稱聖神皇帝。改國號為周，自稱則天金輪皇帝。武則天欲自立為帝，及改國號為周必然遇到阻力重重，武則天當時便利用佛教徒在李氏王朝時受抑，大力發展佛教，同時也利用佛教徒為其地位的確立進行神化。利用佛教徒懷義等偽造《大雲經》，她將奪取政權說成符合彌勒的授記，進而於全國大造大雲寺；又改李淵留下的崇道政策，刪除老子的“太上玄元皇帝”尊號，規定“釋教在道法之上，僧尼處道士女冠之前”；接著又罷貢舉人習《老子》的規定，自制《臣軌》兩卷，令貢舉人為業；並封沙門法朗等為縣公，又授懷義為行軍總管等。武則天認為晉代所譯六十卷的《華嚴經》並不完備，派人前往於闐求取梵本，並命實叉難陀於洛陽大遍空寺重新翻譯。至聖歷二年（699）完成八十卷《華嚴經》，***計費時五年。譯成後，武氏曾親自撰序；再者武則天曾邀請禪宗北宗僧神秀至京師，‘肩輿上殿’、‘親加跪禮，時時問道’；又經常迎法藏入宮講經說法，並賜法藏‘賢首國師’之號。法藏之《華嚴金師子章》即系為武則天所撰。武則天的作法雖然有利佛教的發展和個人地位的神化，但也無疑為佛教內部帶來問題，佛教紀綱漸致破壞。
神龍元年（705）正月，宰相張柬之與崔玄暐、敬暉等以恢復李唐為號召，誅殺武則天的嬖臣張易之、張昌宗，迎立中宗李顯復位。中宗復位後，立即於同年二月“復國號，依舊為唐。……老君依舊為玄元皇帝。……令貢舉人停習《臣軌》，依舊習《老子》。”但中宗也是個無能之輩，不久，皇後韋氏幹預朝政。韋氏效法於武則天，重新依借佛教勢力，與武則天集團交結，於景龍四年（710）六月，毒死中宗，臨朝稱制。而此時道士馮道力“善於占兆”，向李隆基密布“誠款”，李隆基帥兵“斬關而進”，盡誅韋、武黨羽，擁立李旦為帝，便是睿宗。睿宗在位不久，即傳位李隆基