運用多種校勘方法對古醫籍中的異文和疑誤進行比勘分析之後，會取得許多成果。如何將這些校勘的成果表達出來，前人采用了多種不同的方式。校勘的目的不同，校勘記的書寫要求也將隨之而異。
校勘的方式多種多樣。戴南海《校勘學概論》將其分為：存真、校異、訂訛三類。錢玄《校勘學》將其分為：定本式、底本式、劄記式三類。張燦玾《中醫古籍文獻學》將古醫籍的校勘體裁分：留真式、校異式、底本式、佳本式、定本式等五類。綜合以上各家，概述如下：
（1）留真式
是為保留珍善本原貌而別出校記的壹種校勘方式。對於壹些珍貴的古本或孤本醫籍進行校勘時，因其文物或文獻學價值較高，為保留其原貌，壹般要對書籍的外形，包括書的行款、版式、字畫的差異、紙質，舊本上的圈點、收藏圖章等情況要進行描述。此即戴南海《校勘學概論》所謂求古本之真。此類校勘，多為收藏家所為。如清代黃丕烈對宋刻《傷寒總病論》，從影抄至校勘翻刻均采用了此法。其校勘記的處理方式，壹般是別書校記。如黃丕烈重雕宋刻《傷寒總病論》劄記雲：觀諸家抄本，多有異同，或未見宋刻，傳寫互異；或依據張書，增補失真。故今將宋刻龐《論》翻雕，未敢輒改原文，即有抄本義長者，亦第摘取備考，別疏為劄記附於後。日本江戶醫學館刊行的《醫心方》，亦取此法，並將校勘劄記附於卷後。
（2）校異式
是不改動原文，不斷其正誤，只將不同版本及他校的異文在校勘記中詳細列出的壹種校勘方式。藏書家校書，多采用取法。校書人亦有取用此法者，如清代陸潤庠家藏抄本《針灸甲乙經》，取《黃帝內經素問》與《靈樞經》相校，即取此法。肖延平校《黃帝內經太素》，大多校文亦取此法。這種方法，只校異文不改其錯，雖可避免妄改之弊，但難以達到正謬誤的校勘目的。對壹般讀者而言，會感到無所適從，徒增其不便。但其校文對研究人員而言，有壹定的參考價值。
（3）底本式
是不改動原文，但對底本中的衍、脫、誤、倒之處在校記中加以說明的壹種校勘方式。如郭靄春先生《黃帝內經靈樞校註語譯·序例》雲：本書校文，是以人民衛生出版社壹九六三年排印本作為底本，另外根據十四種刊本對校，其它醫籍或古籍，凡是引用《靈樞》而有異文的，作為它校。它校引用的醫籍，限至宋代以前。正文有了衍誤，壹律不加改動，分在校文內說明。校文下面，有時加按語，說明個人看法。但遇到義可兩存，或是難以確定的，為了慎重，只列校文。故該書校勘壹項，只列校文，其當改處亦僅在校記中加按說明。此法可保存底本原貌，避免有妄改之失，但不能為讀者提供佳本。與校異式相比，此法只對正文的疑誤之處加以分析說明，而非全錄異文，可縮減出校的數量。與留真式相比，此法只存底本原文之舊，而非行款、版式等原貌之舊，可用於壹般善本或經校本的校勘處理。
（4）定本式
是依據校勘的結果，將底本中的衍、脫、誤、倒之處全部改正，並出校記說明的壹種校勘方式。此法是古今校勘者采用最多的壹種方式。如清·孫星衍、孫馮翼《補農本草經》輯本，以《大觀本草》為底本，另據別本或別書校改，並加校記說明。人民衛生出版印行劉衡如先生所校《靈樞經》、《針灸甲乙經》、《本草綱目》等書，亦屬此類。這種方式雖無法保存底本原貌，但可為讀者提供能直接使用的佳本。因其有校記說明校改的理由，保存底本原字，萬壹誤校，尚可回改，以免逕改之弊。
以上幾種校勘方式，目的不同，各有所長。留真式詳述古本原貌，多系收藏家所為；校異式只詳羅列壹書的不同異文，可供研究人員使用；底本式只對疑誤之處出校說明，但不改動底本，態度謹慎；定本式校改訛誤，且出校說明，便於讀者使用。