關於愛琴海名字的由來，有多種解釋:源於愛琴海古城；起源於壹個叫愛琴海的亞馬遜女王，她被埋葬在海裏；源於忒修斯王子的父親愛琴誤以為忒修斯已死，心碎跳海。壹個可能的詞源是α ι γ-，意思是波，那麽α ι γ ι α λ？0?2?0?9表示起伏的大海。
愛琴海是克裏特島的米諾斯文明和伯羅奔尼撒半島的邁錫尼文明的發源地。然後是以雅典和斯巴達為代表的希臘文明。愛琴海後來成為波斯帝國、羅馬帝國、拜占庭帝國、威尼斯共和國、塞爾柱突厥帝國、奧斯曼帝國的領海。愛琴海是民主的發源地，也是地中海東部各種文明接觸交流的地方。
愛琴海的海岸線十分曲折，港灣眾多，大小島嶼約2500個。愛琴海中的島嶼可分為七個島嶼:色雷斯海群島、東愛琴海群島、北部的斯波拉群島、基克拉迪群島、薩爾羅尼克群島(又稱阿爾戈-薩爾羅尼克群島)、多德卡尼斯群島和克裏特島。愛琴海中的許多島嶼或島鏈實際上是陸地上山脈的延伸。壹條島鏈延伸至希歐島，另壹條經埃維約島延伸至薩摩斯島，還有壹條從伯羅奔尼撒半島經克裏特島延伸至羅德島，將愛琴海和地中海隔開。許多島嶼都有很好的港口，但是在古代，在愛琴海上航行不是很安全。許多島嶼是火山島，有大理石和鐵礦石。克裏特島是海中最大的島嶼，面積8000多平方公裏。東西狹長，是南愛琴海的屏障。克裏特島有大面積肥沃的農田，但其他島嶼相對貧瘠。大部分愛琴海島嶼在西海岸屬於希臘，小部分在東海岸屬於土耳其。