國家圖書館出版社設有（壹）辦公室；（二）總編室；（三）財務部；（四）營銷策劃部；（五）歷史文獻影印編輯室；（六）圖書館學編輯室；（七）綜合編輯室；（八）中華再造善本編輯室；（九）古籍普查目錄編輯室；（十）數字出版部；（十壹）發行部；（十二）儲運部。
國家圖書館出版社組織機構如下圖：