順治十五年（1658年），清朝改內三院為內閣，設大學士，加殿閣頭銜，滿漢各半。並且仿照明朝制度，規定凡各處官員上呈的奏章，先由內閣代擬批旨（替皇帝擬出幾種處理意見），再進呈皇帝；對於皇帝的詔令，也由內閣下達六部等衙門執行。開始時，由於規定大學士僅為五品官，至使內閣的權勢反而低於原內三院。但是由於清朝皇帝利用內閣抑制議政王大臣會議的權勢，使內閣的地位不斷得到提高。
雍正時，內閣大學士的官位品級升為正壹品，成為朝廷的最高級官員了。不過，自軍機處成立後，取代了內閣的許多職權，內閣官員也只是處理壹些例行公事了，這時的“大學士”也成了文臣的壹種榮稱。