盡管張仲景從小就厭惡官場，輕視仕途。但由於他父親曾在朝廷做過官，希望張仲景能夠在朝廷謀得壹官半職。古時的人以不忠不孝為最大恥辱，盡管張仲景很不情願，但也不願違背父命，落下壹個不孝之子的名聲。因此在靈帝時（約公元168～188年），舉孝廉，進入官場。在建安年間（公元196～219年），張仲景被朝廷派到長沙做太守。但他仍用自己的醫術，為百姓解除病痛。在封建時代，做官的不能隨便進入民宅，接近百姓。可是不接觸百姓，就不能為他們治療，自己的醫術也就不能長進。於是張仲景想了壹個辦法，擇定每月初壹和十五兩天，大開衙門，不問政事，讓有病的百姓進來，他端端正正地坐在大堂上，挨個地仔細為群眾診治。他讓衙役貼出安民告示，告訴老百姓這壹消息。他的舉動在當地產生了強烈的震動，老百姓無不拍手稱快，對張仲景更加擁戴。時間久了便形成了慣例。每逢農歷初壹和十五的日子，他的衙門前便聚集了來自各方求醫看病的群眾，甚至有些人帶著行李遠道而來。後來人們就把坐在藥鋪裏給人看病的醫生，通稱為“坐堂醫生”，用來紀念張仲景。 張仲景看到百姓對他非常信任，在醫術上更加精益求精，不斷探索。他大量采集民間驗方，進行認真研究。有時甚至不畏路途遙遠，拜師取經。有壹次他聽說襄陽城裏同濟堂有個綽號“王神仙”的名醫，對治療扼背瘡很有經驗。他立即帶著行李，長途跋涉幾百裏，去拜“王神仙”為師。對“王神仙”在藥性、醫道各方面的獨到之處都用心學習研究，獲益很大。
雖然張仲景的醫術非常高超，但有些病他也不能醫治。俗話說，“大兵之後，必有災年”。東漢末年，戰亂頻繁，不斷的戰爭導致瘟疫流行。建安年間，瘟疫大流行，前後達5次之多，使很多人喪生，壹些市鎮變成了空城，其中尤以死於傷寒病的人最多。如張仲景的家族，原來有200多人，自漢獻帝建安元年（公元196年）以來，在不到10年的時間裏，就死了三分之二，其中有十分之七是死於傷寒病。壹些庸醫便趁火打劫，不給病人認真診脈，
“按寸不及尺，握手不及足”，和病人相對片刻，便開方抓藥，只知道賺昧心錢。更多的人，雖師承名醫，卻不思進取，因循守舊，不精心研究醫方、醫術，以解救百姓的病痛，而是競相追逐權勢榮耀，忘記了自己的本分。張仲景對這些人非常氣憤，痛加斥責，他決心要控制瘟疫的流行，根治傷寒病。從此他“勤求古訓，博采眾方”，刻苦研讀《素問》、《靈樞》、《八十壹難》、《陰陽大論》、《胎臚藥錄》等古代醫書，繼承《內經》等古典醫籍的基本理論，廣泛借鑒其他醫家的治療方法，結合個人臨床診斷經驗，研究治療傷寒雜病的方法，並於建安十年（公元205年）開始著手撰寫《傷寒雜病論》。
這時候，東漢王朝四分五裂，張仲景官不能做，家也難回。於是他就到嶺南隱居，專心研究醫學，撰寫醫書。到建安十五年，終於寫成了劃時代的臨床醫學名著《傷寒雜病論》，***十六卷。經後人整理成為《傷寒論》和《金匱要略》兩本書。《傷寒雜病論》系統地概括了“辨證施治”的理論，為中國中醫病因學說和方劑學說的發展做出了重要貢獻。後來該書被奉為“方書之祖”，張仲景也被譽為“經方大師”。
張仲景寫成該書後仍專心研究醫學，直到與世長辭。晉武帝司馬炎統壹天下後的公元285年，張仲景的遺體才被後人運回故鄉安葬，並在南陽修建了醫聖祠和仲景墓。