著作
《倉石武四郎中國留學記》，榮新江、朱玉麒輯註，中華書局，2002年4月。
《西域水道記（外二種）》，[清]徐松著，朱玉麒整理，中華書局，2005年7月。
《中國文學與地域風情》，薛天緯、朱玉麒主編，學苑出版社，2005年
《西域文史》第壹～四輯，朱玉麒主編，科學出版社，2006～2009年
論文
《“喜雨”別解》，《文教資料》1992年第2期
《道藏所見唐刺史考》，《南京師大學報》1992年第4期
《登科記考補遺、訂正》，《文獻》1994年第3期
《唐代道教人物三考》，《中國道教》1995年第2期
《西方新史學觀照中的史記範型》，《南京師大學報》1997年第1期
《元代黨項羌作家余闕生平及創作初探》，《民族文學研究》1997年第1期
《道藏所見李白資料匯輯考辨》，《文教資料》1997年第1、2期
《李白貞義女碑考辨》，《中國李白研究》1995-1996年集，安徽文藝出版社1997年
《張說詩文重出誤收考》，《文教資料》2000年第3期
《小說前史時期的敘事因素：以桃花源記為中心》，《江蘇社會科學》2000年第4期
《論南宋後期詞人的布衣化傾向》，《北京師範大學學報》2000年第5期
《唐兩京城坊考增補質疑》，《書品》2000年第6期
《脫靴的高力士：壹個文學配角的形成史》，《唐研究》第七卷，北京大學出版社，2001年
《宋蜀刻本張說之文集流傳考》，《文獻》2002年第2期
《戲曲作品中的李白形象研究》，《河南社會科學》2002年第2期
《李白題材的小說作品敘論》，《明清小說研究》2002年第3期
《張燕公集的閣本與殿本》，《中國典籍與文化論叢》第七輯，北京大學出版社，2002年
《唐代長安建築園林及其文學表現》，《江蘇行政學院學報》2004年第1期
《隋唐文學人物與長安坊裏空間》，《唐研究》第九卷，北京大學出版社，2003年
《西域水道記：稿本、刻本、校補本》，《中外關系史：新史料與新問題》，科學出版社2004年
《西域水道記稿本研究》，《文獻》2004年第1期
《徐松及其西域著作研究述評》，《新疆師範大學學報》2004年第4期
《漢唐西域紀功碑考述》，《文史》2005年第4輯
《唐宋都城小說的地理空間變遷》，《唐研究》第十壹卷，北京大學出版社，2005年
《徐松遣戍伊犁時期的生活考述》，《西域研究》2006年第1期
《唐代詩人的南貶與屈賈偶像的樹立》，《西北師範大學學報》2006年第1期
《窺園圖記題跋》，《文獻》2006年第2期
《春山秋恨有誰知》，《讀書》2006年第5期
《清代西域地理文獻中的吐魯番：以西域水道記為中心》，《吐魯番學新論》，新疆人民出版社，2006年
《新疆識略成書考論》，《西域文史》第壹輯，科學出版社，2006年
《新出吐魯番文獻中的古詩習字殘片研究》，《文物》2007年第2期（與李肖合作）
《新出吐魯番文書論語古註與孝經義寫本研究》，《敦煌吐魯番學研究》第十卷，上海古籍出版社，2007年
《行程日記作者及相關人事考》，《文獻》2008年第4期
《長安都市空間與唐人小說的場景還原》，《光明日報》2009年4月21日第12版
《徐松手劄輯箋》，《文獻》2009年第3期（與魏春艷合作）
《吐魯番文書中的漢文文學資料敘錄》，《吐魯番學研究》2009年第2期
《徐松與道光朝京師學壇的西北史地研究》，《西域文史》第四輯，科學出版社，2009年
《西域水道記版刻年代再考》，《西域研究》2010年第3期
《西北史地學背景下的徐松與鄧廷楨、林則徐交誼》，《伊犁師範學院學報》2010年第4期
《清代西域流人與早期敦煌學研究：以徐松與西域水道記為中心》，《敦煌研究》2010年第5期
《伊犁將軍松筠研究二題》，《張廣達先生八十華誕祝壽論文集》，編輯委員會編，臺北：新文豐出版公司，2010年9月。
《思想與思想史的資源：魏源致徐松三劄考論》，《西域歷史語言研究集刊》第四輯，北京：科學出版社，2010年9月。
《張說詩集明代版本傳承考》，《唐代文學研究》第十三輯，桂林：廣西師範大學出版社，2010年10月，343—365頁。
《徐松詩文輯佚》，《漢學研究學刊》創刊號，吉隆坡：馬來亞大學中文系，2010年10月。
《中古時期吐魯番地區漢文文學的傳播與接受：以吐魯番出土文書為中心》，《中國社會科學》2010年第6期。