瘟疫在中國史料中早有記載。如《周禮·天官·冢宰》記載：“疾醫掌養萬民之疾病，四時皆有癘疾。”《呂氏春秋·季春紀》記載：“季春行夏令，則民多疾疫。”說明當時對瘟疫的認識已經達到了壹定水平，認為瘟疫壹年四季皆可發生，原因之壹是由於時令之氣的不正常，是由“非時之氣”造成的。
現存最早的中醫古籍《黃帝內經》也有記載。如《素問·刺法論》指出：“五疫之至，皆向染易，無問大小，病狀相似……，正氣存內，邪不可幹，避其毒氣。”《素問·本能病》篇：“厥陰不退位，即大風早舉，時雨不降，濕令不化，民病溫疫，疵廢。風生，民病皆肢節痛、頭目痛，伏熱內煩，咽喉幹引飲。”指出溫疫具有傳染性、流行性、臨床表現相似、發病與氣候有關等特點，並認為只要“正氣存內”，就能“避其毒氣”。
東漢時期
東漢時期的張仲景在其著作《傷寒雜病論》的序言中說“余宗族素多，向余二百。建安紀年(公元196年)以來，猶未十稔，其死亡者，三分有二，傷寒十居其七。感往昔之淪喪，傷橫夭之莫救，乃勤求古訓，博采眾方。……”文中的“傷寒”，除了指外感熱病外，還包括了當時的烈性傳染病，可見當時瘟疫流行之猖獗。
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三國
曹植《說疫氣》記載“建安二十二年(公元217年)，癘氣流行，家家有僵屍之痛，室室有號泣之哀。或闔門而殪，或覆族而喪。或以為：疫者，鬼神所作。夫罹此者，悉被褐茹藿之子，荊室蓬戶之人耳!若夫殿處鼎食之家，重貂累蓐之門，若是者鮮焉。此乃陰陽失位，寒暑錯時，是故生疫，而愚民懸符厭之，亦可笑也。”描繪了當疫病流行的慘狀，並明確指出：“癘氣流行”，並非“鬼神所作”，而是“陰陽失位，寒暑錯時”所致。
建安七子之壹的王粲在《七哀詩》中也記載：“……出門無所見，白骨蔽平原。路有饑婦人，抱子棄草間。顧聞號泣聲，揮涕獨不還。‘未知身死處，何能兩相完?’驅馬棄之去，不忍聽此言。……”是當時淒涼情景的真實寫照。據史料記載，從漢桓帝劉誌，至漢獻帝劉協的七十余年中，記載有疫病流行17次。疫情連年，民不聊生，即使是士大夫們也未能幸免。如文學史上著名的“建安七子”中的徐幹、陳琳、應玚、劉楨也壹時俱逝。其慘狀可見壹斑。