他在校勘學、考古學的成果還有《舊五代史輯本發覆》（1937）、《二十史朔閏表》和《中西回史日歷》等書。他閱讀了大量宋人、清人有關避諱的述作，並廣泛收集引用了壹百種以上的古籍材料，寫成《史諱舉例》壹書，“意欲為避諱史作壹總結，而便考史者多壹門路、壹鑰匙也”。
“七七”事變爆發後，北平被日軍侵占。他身處危境，堅決與敵鬥爭。在大學講壇上，他講抗清不仕的顧炎武《日知錄》，講表彰抗清民族英雄的全祖望《鮚埼亭集》，以此自勵，亦以此勉勵學生愛國。同時，他還利用史學研究作為武器，連續發表史學論著，抨擊敵偽漢奸，顯示不屈不撓的民族氣節。在八年抗戰期間，他連續寫成《南宋河北新興道教考》《明季滇黔佛教考》《清初僧諍記》《中國佛教典籍概論》等宗教史論文及《通鑒胡註表微》，都含有諷今喻世、抒誌表微的用意。
1948年3月，當選中央研究院院士。
中華人民***和國成立時，他已經六十九歲。在掌握了豐富的歷史知識並曾深入研究、著作等身的基礎上，他很快接受了新事物。之後的十年間，先後寫了二十多篇短文。但在文化大革命時期，他被軟禁，到1971年6月，飲恨以歿。
1951年11月，全國政協壹屆三次會議後，毛澤東在懷仁堂舉行國宴時，與陳垣同席。毛澤東向別人介紹說：“這是陳垣，讀書很多，是我們國家的國寶。”