著作：
1、《中國移民史》第五卷《明時期》，福建人民出版社1997年版。
2、《中國移民史》第六卷《清 民國時期》，福建人民出版社1997年版。
3、《中國人口史》第四卷《明時期》，復旦大學出版社2000年版。
4、《中國人口史》第五卷《清時期》，復旦大學出版社2001年版。
論文：
1、《明清時期的流民與贛南山區的開發》，《中國農史》1985年第4期，第19-40頁。
2、《明清時期的流民與贛北山區的開發》，《中國農史》1986年第2期，12-37頁。
3、《明代初年長江流域的人口遷移》，《中華文史論叢》第四十七輯，上海古籍出版社1991年版，第69-99頁。
4、《湖南人由來新考》，《歷史地理》第九輯，上海人民出版社1991年版，第114-129頁。
5、《明清時期移民氏族的人口增長——長江中下遊地區族譜分析之壹》，《中國經濟史研究》，1991年第4期，第77-90頁。
6、《對明代人口總數的新認識》（葛劍雄、曹樹基），《中國史研究》1995年第1期，第33-44頁。
7、《洪武時期河北地區的人口遷移》，《中國農史》1995年第3期，第12-27頁。
8、《洪武時期魯西南地區的人口遷移》，《中國社會經濟史研究》1995年第4期，第16-26頁。
9、《永樂年間河北地區的人口遷移》，《中國農史》1996年第3期，第33-52頁。
10、《洪武時期山東三府地區的人口遷移》，《中國社會經濟史研究》1996年第4期，第18-30頁。
11、《清代前期浙江山區的客家移民》，《客家學研究》第四輯，《歷史教學問題》雜誌社出版，1997年，第1-13頁。
12、《太平天國戰前的中國人口》，《中國經濟史研究》1997年第2期，第32-41頁。
13、《洪武時期鳳陽府的人口遷移》，《安徽史學》1997年第3期，第14-21頁。
14、《是學術創新，還是低水平的資料編纂？——評楊子慧主編〈中國歷代人口資料研究〉》（葛劍雄、曹樹基），《歷史研究》1998年第1期，第154-166頁。
15、《太平天國戰爭對蘇南人口的影響》，《歷史研究》1998年第2期，第39-47頁。
16、《洪武時期東南地區府縣治城市人口研究》，《中國經濟史研究》1999年第1期，第19-33頁。
17、《國家對人民的控制——以洪武時期的戶口調查為例》，《歷史地理》第15輯，上海人民出版社，1999年，第94-104頁。
18、《論明代的人口增長率》，《中國學術》第3輯，商務印書館2000年版，第205-236頁。
19、《太平天國戰爭對浙江人口的影響》（曹樹基、李玉尚），《復旦學報》，2000年第5期，33-44頁。
20、《清代前期“丁”的實質》（曹樹基、劉仁團），《中國史研究》，2000年第4期。
21、《清代中期的雲南人口》，《歷史地理》第十七輯，上海人民出版社2001年版，第240-258頁。
22、《清代中期的江西人口》，《南昌大學學報》2001年第2期，第128-140頁。
23、《清代北方城市人口研究——兼與施堅雅商榷》，《中國人口科學》2001年第4期，第15-28頁。
24、《清代江蘇城市人口研究》，《杭州師範大學學報》2002年第4期，第50-56頁。
25、《馬爾薩斯理論與清代以來的中國人口——對美國學者近年來相關研究的批評》（曹樹基、陳意新），《歷史研究》2002年第1期，第41-54頁。
26、《清代中期的四川人口——以1812年數據為中心》，《中國經濟史研究》，2003年第1期，第92-105頁。
27、《尊重中國人口史的真實——對〈摘掉人口決定論的光環〉壹文之回應》（陳意新、曹樹基），《學術界》2003年第3期，第116-132頁。
28、《清中葉以來的江南市鎮人口———以吳江縣為例》（遊歡孫、曹樹基），《中國經濟史研究》2006年第3期，第124-134頁。
29、《洪武大移民：來自湖南瀏陽的新例證》，《江西師範大學學報》2010年第5期，第140-147頁。 著作：
1、《鼠疫：戰爭與和平——1320-1960年中國的環境與社會變遷》（曹樹基、李玉尚），山東畫報出版社，2006年版。
2、《田祖有神：明清以來的自然災害及其社會應對機制》，曹樹基主編，上海交通大學出版社，2007年版。
論文：
1、《地理環境與宋元時代的傳染病》，《歷史地理》第十二輯，上海人民出版社1995年版，第183-192.
2、《鼠疫流行與華北社會的變遷（1580-1644年）》，《歷史研究》1997年第1期，17-32頁。
3、《鼠疫流行對近代中國的影響》（曹樹基、李玉尚），《自然災害與中國社會歷史結構》（論文集），復旦大學出版社2001年版，第133-167頁。
4、《18-19世紀的鼠疫流行與雲南社會的變遷》（第二作者），《災害與中國社會歷史結構》（論文集），復旦大學出版社2001年版，第168-209頁。
5、《鹹同年間的鼠疫流行對雲南人口的影響》，（李玉尚、曹樹基），《清史研究》2001年第2期，第19-32頁。
6、《歷史時期中國的鼠疫自然疫源地》（曹樹基、李玉尚）《中國經濟史上的天人關系》，農業出版社2002年版，第94-116頁。
7、《清代雲南昆明的鼠疫流行》（李玉尚、曹樹基），《中華醫史雜誌》，2003年第2期，第67-71頁。
8、《光緒年間雲南鼠疫的流行模式——以市鎮和村莊為基礎的研究》，中山大學歷史人類學研究所、香港科技大學人文學部主編：《歷史人類學學刊》第壹輯， 香港科技大學出版，2003年，第132-152頁。
9、《歷史時期的傳染病流行與社會應對——中國與西方的比較》，收入燕爽主編：《SARS與社會的現代化》，上海人民出版社2004年版。
10、《歷史時期的鼠疫流行模式與社會變遷》，收入謝遐齡等主編：《SARS、全球化與中國》，上海人民出版社2004年版。
11、《鼠疫大流行中的廣州、香港與上海——以申報為中心》，《上海交通大學學報》2005年第4期，第72-81頁。
12、《國家與地方的公***衛生——以1918年山西肺鼠疫流行為中心》，《中國社會科學》2006年第1期，第178-190頁。 著作：
1、《石倉契約》第壹輯第1-8冊，（曹樹基、潘星輝、闕龍興編），杭州：浙江大學出版社2011年。
論文：
1、《〈禾譜〉及其作者研究》，《中國農史》1984年3期，84-91頁。
2、《〈禾譜〉校釋》，《中國農史》1985年第3期，74-84頁。
3、《玉米番薯傳入中國路線新探》，《中國社會經濟史研究》1988年第4期，62-66頁。
4、《清代玉米、番薯分布的地理特征》，《歷史地理研究》第二輯，復旦大學出版社1990年版，第287-303頁。
5、《閩粵贛三省毗鄰地區的社會變動與客家形成》，《歷史地理》第14輯，上海人民出版社,1998年，第123-125頁。
6、《對明代初年田土數的新認識——兼論邊衛所轄民籍人口》，《歷史研究》 1996年第1期，第147-160頁。
7、《清代臺灣拓墾過程中的股份制經營——兼論中國農業資本主義萌芽理論的不成立》，《中國社會科學》1998年第2期，127-141頁。
8、《中國村落研究的東西方對話——評王銘銘〈社區的歷程〉》，《中國社會科學》1999年第1期，第119-133頁。
9、《清代中後期浙南山區的土地典當——基於松陽縣石倉村當田契的研究》（曹樹基、李霏霽），《歷史研究》2008年第4期，第40-54頁。
10、《清至民國山東東部玉米、番薯的分布——兼論新進作物與原作物的競爭》（王保寧、曹樹基），《中國歷史地理論叢》2009年第4期，第37-48頁。
11、《石倉地契的發現、收集與整理——來自浙南山區壹個客家村莊的報告》，《客家學刊》（創刊號），2009年6月，第146-172頁。
12、《“殘缺產權”之轉讓：石倉“退契”研究》（曹樹基、李楠、龔啟聖），《歷史研究》2010年第3期，第118-131頁。
13、《送戶票與收糧字：土地買賣的中間過程——以浙江松陽石倉為中心》（曹樹基、高揚），《華東師範大學學報》（哲社版）2010年第4期，第28-36頁。
14、《從石倉土地執照看花戶內涵的衍變與本質》（單麗、曹樹基），《社會科學》2010年第8期，第119-129頁。
15、《石倉冶鐵業中所見清代浙南鄉村工業與市場》（曹樹基、蔣勤），《中央研究院歷史語言研究所集刊》，第八十壹本，第四分，第833-888頁。 著作：
1、《大饑荒：1959-1961年的中國人口》，香港國際時代出版有限公司，2005年版。
論文：
1、《鄉鎮自治中的國家意識形態——以嘉興縣1946年鄉鎮職員政治試卷為中心》，《社會學研究》2002年第2期，第98-110頁。
2、《1958-1962年四川省人口死亡研究》，《中國人口科學》2004年第1期，第57-67頁。
3、《1959－1961年中國的人口死亡（3250萬）及其成因》，《中國人口科學》2005年第1期，第14-28頁。
4、《1959-1961年廣西十縣人口數據的“加工”》（孫琦、曹樹基），《中國人口科學》2007年第2期，第75-86頁。
5、《兩種“田面田”與浙江的“二五”減租》，《歷史研究》2007年第2期，第108-121頁。
6、《土地分種：雇傭、合作還是出租——以南匯縣土改檔案為中心》，《上海交通大學學報》2007年第2期。《中國社會科學文摘》2007年第5期，第5-18頁。
7、《蘇南地區“田面田”的性質》，《清華大學學報》2007年第6期，第59-71頁。
8、《土地耕作與“田面權”之爭——以抗戰勝利後嘉善縣的佃權糾紛為中心》，（孫琦、曹樹基），《上海交通大學學報》，2008年第2期，第82-88頁。
9、《國家形象的塑造——以1950年代的國家話語為中心》，《上海交通大學學報》2008年第3期，第16-26頁。
10、《劃分“右”派：以桐柏縣檔案為基礎的研究》（曹樹基、李楠），《學術界》2010年第1期，第180-194頁。
11、《兩種“田面田”與蘇南的土地改革》，謝國興主編：《改革與改造——冷戰初期兩岸的糧食、土地與工商業變革》，中央研究院近代史研究所，2010年7月，第97-132頁。
12、《新中國成立初期土地改革中“工商業兼地主”的政治身份認定》（劉詩古、曹樹基），《中***黨史研究》2011年第2期，第66-75頁。 1、《中國社會人類學研究的新突破——評張樂天〈人民公社制度研究〉》，《中國社會科學》1998年第4期，第203-206頁。
2、《以人為本的農業歷史地理學——評蕭正洪〈地理環境與技術選擇〉》，《清史研究》2000年第3期，122-124頁。
3、《評包偉民主編〈江南市鎮及其在近代的命運〉》，《中國學術》第4輯，商務印書館2000年版。
4、《歷史語言的文化闡釋——評陳建華〈現代革命話語考論〉》，香港《二十壹世紀》2001年第3期，第153-156頁。
5、《學術研究與學術評審制度——評王銘銘〈閩臺三村五論〉》，《文匯報》1998年11月13日。
6、《也談清代臺灣的土地開墾、社會組織和經濟形態——答周翔鶴先生》，《臺灣研究集刊》2001年第1期，71-77頁。
7.《經濟史學的方法論：描述與分析——評〈中國經濟通史·清代卷〉》，《中國經濟史研究》，2001年第3期，第137-146頁。
8、 «Les normes scientifiques : Un grand débat dans le monde universitaire chinois», Revue Bibliographique de Sinoligie ( Review of Bibliography in Sinology), 2002.《學術規範：中國學術大論爭》，《漢學年鑒，2002年》，法國巴黎高等社會科學研究院（EHESS）出版社，2003年版，第65-84頁。
9、《評馮筱才：〈在商言商：政治變局中的江浙商人〉》，《中國學術》2005年第2期，第270-273頁。