氣功起源的時間，至今未見直接文獻資料，目前對氣功起源的研究，是根據幾個間接文獻的互相佐證而推測的。其主要是：
根據古籍記載，中國最早的史書《尚書》記載著，在4000多年前的唐堯時期，中國中原地區曾洪水泛濫成災。《史記》、《孟子》 都有類似的記述。而另壹部史書《呂氏春秋?古樂》篇記載，
由於多雨潮濕，人們氣血淤滯，易患筋骨拘緊，或周身及關節疼痛壹類疾病，於是就用舞來宣導氣血以治病。2000年前的古典醫籍《黃帝內經?素問?異法方宜論》在講述各種不同治法的來源時說，中原壹帶，平坦潮濕，人們易患肢體寒冷，或關節紅腫熱痛以及四肢痿軟等骨關節病，應該用導引按蹺來治療，所以導引按蹺這種治法來源於中原地帶。這說明唐堯時期曾有“宣導”作用的“舞”，到春秋戰國時期已發展成為“導引按蹺”。
《內經?素問?移精變氣論》記載；“往古人居禽獸之間，動作以避寒，陰居以避暑，內無眷慕之累，外無伸宦之形，此恬淡之世，邪不能深入也。”新石器時代，我們祖先的生活條件很艱苦，居住在野獸出沒無常的大自然中，靠運動來加強新陳代謝，增加熱量以避寒;找個陰涼處安靜休息，降低代謝，減少產熱以避暑熱；內心不受七情幹擾，外形不受名利趨求等奔波勞碌之苦；這是人們具有安靜愉快淡泊心態的樸素社會，所以病邪侵犯也不會深入人體內。這正是對原始氣功養生的壹種描述，至今氣功仍分動靜兩大類，與古人的動靜養生是壹脈相承的。
根據考古發現1975年，在青海省樂都地區柳灣三坪臺，出土了馬家窯文化時期的彩陶罐等文物。在彩陶罐上有壹彩繪浮塑人像，二目微閉，口形近圓，微向前翻，腹部隆起，雙手張開，放在腹部兩旁，兩膝微屈，雙腳分開，略比肩寬，正是站樁吐納的練功形象。經有關專家考證，該文物已有5000多年的歷史，練功人像正是古人服氣吐納的壹種姿勢。更有趣的是該人像為男首女身，即男性的上身，女性的下身，這雖然是古人的壹種生殖崇拜，但是把男女合為壹體，體現了調和陰陽，使陰陽合壹的理論思維。這有力地說明了中華氣功至少有5000年的歷史。1957年，在青海大通縣上孫家寨，還發掘了壹匹新石器時代的墓葬，其中有壹個舞蹈紋彩陶盆，繪有黑色舞蹈人形，整個畫面人物突出，神態逼真，五人壹組，手拉手，面向壹致，佩戴飾物，***有三組，據考證，也屬馬家窯文化馬家窯類型。由原始模仿動物發展為導引，稱為仿生氣功，如五禽戲、六禽戲等。
說氣功起源於原始人的自我保健，除了古書記述和出土文物證明外，還有古代醫籍和醫家都十分重視氣功療法。從儒、釋、道、武、藝等各家對氣功的運用來看，雖然目的各不相同，但都是發揮氣功的健身養生作用，這與氣功源於人類本能的自我保健有關。
中國氣功經歷了漫長的原始萌芽時期，隨著社會生產力的提高，文化的發展，在春秋戰國時代，已由方術進入了學術的殿堂，這在諸子百家的學說中都有反應。
《素問?上古天真論》中記載：“余聞上古有真人者，提挈天地，把握陰陽，呼吸精氣，獨立守神，肌肉若壹，故能壽敝天地，無有終時，此其道生。”“虛邪賊風，避之有時，恬淡虛無，真氣從之，精神內守，病安從來。”
《莊子?在宥》記述了黃帝向廣成子求教養生之道的故事：黃帝慕名去拜見廣成子，廣成子毫不客氣地叫他回去齋戒三個月再來；黃帝果然如此做了，廣成子見他如此虔誠，於是概述了氣功養生的秘訣：“窈窈冥冥，至道之極，昏昏默默，無視無聽，抱神以靜，形將自正。必靜必清，無勞汝形，無搖汝精，乃可長生。”
儒家的代表人物是孔子，他是歷史上最早的教育家和思想家，儒家的經典《論語》、《孟子》、《中庸》、《大學》中提出“格物”“致知”、“誠意”、“正心”、“修身”、“齊家”、“治國”、“平天下”所謂儒家“八目”，很多類似於氣功修煉，特別是提出“止於至善”的方法，即“知止而後有定，定而後能靜，靜而後能安，安而後能慮，慮而後能得”。
《孟子》提倡“善養吾浩然之氣”。
在《莊子》壹書中以孔子和顏回對話的形式，具體描述了“心齋”與“坐忘”。如在《莊子?人世間》中，孔子曰“若壹誌，無聽之以耳，而聽之以心，無聽之以心，而聽之以氣。聽止於耳，心止於符，氣也者，虛而待物者也，唯道集虛，虛者心齋也。”顏回則在《莊子?大宗師》中向孔子談了坐忘的體會，謂“墮姿體，黜聰明，離形去知，同於大道，回謂坐忘。”坐忘即為早期的靜坐，故郭沫若在《靜坐的功夫》中指出：“靜坐這項功夫，……當溯源於顏回，……顏回坐忘之說，這怕是我國靜坐的起始。”
《管子》還認為“能守壹而棄萬屙”。
《戰國玉銘》又稱《行氣玉佩銘》、《行氣玉銘》、《行氣銘》，據專家考證，是公元前5世紀末至4世紀初的文物，現藏於天津博物館。這是壹件珍貴的反應氣功歷史的實物，也是到目前為止最早且完整描述氣功鍛煉的實物，在這壹中空未透頂的十二面體玉制飾物上，刻有四十五個銘文。文曰：“行氣，深則蓄，蓄則伸，伸則下，下則定，定則固。固則萌，萌則長，長則退，退則天。天兀舂在上，地兀舂在下。順則生，逆則死。”目前氣功界對銘文所描述的為何種功法雖有不同意見，但這表明在戰國時期氣功功法確已達到相當高的水平。
華佗則根據《呂氏春秋》“流水不腐，戶樞不蠹”的思想和《淮南子》上提到的6個動物動作，結合自己的臨診經驗，創編了壹套動功，曰：“吾有壹術名五禽之戲，壹曰虎，二曰鹿，三曰熊，四曰猿，五曰鳥。”能“除疾，兼利蹄足，以當導引。體有不快，起作壹禽之戲，怡而汗出，因以著粉，身體輕便而欲食。”
1973年長沙馬王堆三號漢墓出土的隨葬品中，有幾件相當珍貴的氣功文物，如《導引圖》、《卻谷食氣篇》、《養生方》等，反映出當時氣功發展的情況。
《導引圖》是壹張彩色帛畫，繪有男女多種姿勢，出土時有殘缺，現存44幅圖為4行排列，多有題記，但能辨認者僅28幅。據考，該墓墓主為當時長沙丞相利蒼的兒子，葬於公元前168年。整幅圖高50厘米，長約100厘米，原無總名序跋及作者，現用名為出土後依其內容而定。
《卻谷食氣篇》是以描述食氣（即呼吸鍛煉）為主的練功方法之專著，也是歷史上首部專論卻谷的著作。全書僅26行，刻在竹筒上，它對卻谷食氣的方法、適應癥有明確的論述。此外，該書所述之如何掌握不同季節特點、不宜食氣的4種氣候等內容，則反映了中醫養生思想中的整體觀點在氣功鍛煉中的具體應用。
《養生方》專論養生尤其是氣功養生的原則與方法。該書《十問》篇描述的治氣方法是“吸必深而久，新氣易守，宿氣易老，新氣易壽。善治氣者，使宿氣夜散，新氣朝聚，以徹九竅，而實六腑。”強調了呼吸鍛煉吐故納新之作用。同篇論述的治氣四時註意事項，與《卻谷食氣篇》中的內容互為補充，“食氣有禁：春避濁陽，夏避湯風，秋避霜霧，東避淩陰。”
在長沙還出土了東漢前期的“仙人飲玉泉”青銅鏡，除四神（青龍、白虎、朱雀、玄武）、仙人和瑞獸外，還有三句銘文：“尚方佳境真大巧，上有仙人不知老渴飲玉泉饑食棗。”尚方是當時為皇帝制作禦用器物的官，在黃帝用的青銅鏡上，刻上神仙家修煉辟谷的方法，可見當時氣功發展的程度。這與《內經 ?素問遺篇 ?刺法論》的吞津法是壹致的。
從中國古典文化關於“氣”的概念出發，我們來談談氣功的內涵。要闡明這壹點，還需從對人的生命運動的看法說起。
眾說周知，人與壹般動物根本區別在於他具有人所特有的精神活動——意識活動。因此，人的生命是精神與肉體的統壹。對此，古人有不少精辟的論述，例如《淮南子 ? 道原訓》說：“夫形者，生之舍也；氣者，生之充也；神者，生之制也。”這裏形指肉體，神則是特定的物質，人的意識和精神活動是其功能體現。這段話告訴我們，人的精神和肉體的活動都是靠周流於人體內的氣來充養、維持的；而各個層次上的氣化過程，則不僅以形體為基礎，而受神、意控制。
根據上述以神為主導，形、氣、神三位壹體的人體生命整體觀，人有可能通過神、意的能動的鍛煉，增強神、意對形體和體內氣化過程及氣機運轉的控制，從而激發、強化人體的固有功能，並使心身臻於高度和諧。這種方法古人統稱“修身”。
先秦諸子，對於社會問題，所見各不相同，但於修身之道都是十分重視的《管子》把這類修身方法稱之為“心術”、“內業”；《莊子》認為有“純素之道”和“養形之術”的區別；孟子提倡“存心”、“養氣”，說“吾善養吾浩然之氣”；《荀子》認為人性本惡，故倡導“治氣養心之術”；而養生家．醫家則有“導引”、“行氣”、“食氣”、“養生”之方。戰國時期的文物《行氣玉銘》上刻的銘文就是“行氣”的方法；長沙馬王堆漢墓的出土文物裏，有《導引圖》、《卻谷食氣篇》和《養生方》等。秦漢時期，以長生久視為目標的丹道開始流行，這又有內丹和外丹之別。東漢以後，佛教傳入，道教創立，這類修身方法和宗教修持相結合，名目就更繁多了。明清以來，武術家有內功之說。
“氣功”壹詞最初見於晉?許遜的《靈劍子》，但直到宋代的《雲笈七簽》裏才成為壹個術語。清末《少林拳術秘訣》中有壹章名曰“氣功闡微”，指出“氣功之說有二：壹養氣，二練氣，”但氣功壹詞並未廣泛使用。直到20世紀50年代，劉貴珍先生的《氣功療法實踐》壹書問世，氣功作為傳統醫學的壹種治療方法，才得以推廣。
從先秦諸子的“修身”之道，到當今流行的“氣功”，有壹個歷史的演變過程。無論內容還是形式都有很大的發展，但本質上是壹致的。據此，國家體育總局武術運動管理中心組織國內在氣功理論、研究和實踐中有壹定造詣的專家編寫的《健身氣功培訓教程（試用）》中對“氣功”的內涵，作如下概括：
氣功是基於中華傳統文化的人體生命整體觀，通過調心．調息．調身的鍛煉，改善自身的健康狀況，開發人體潛能，使心身臻於高度和諧的技能。
上述關於氣功內涵的界說，說明了氣功的理論基礎是中華傳統文化的人體生命整體觀；概括了古往今來各門派氣功功法的***性是“調心、調息、調身”；指出了氣功的基本功效是健全心身，開發人的固有潛能。
應該指出，氣功不僅是強化自身生命運動的有效方法，而且是人類認識世界，認識自己生命運動規律的壹條重要的途徑