馬端臨治史的方法主要有綜合分析法、比較法等。綜合分析法是綜合諸家認識，層層剖析，追根溯源，既有批駁之論，又有獨立的見解。他用綜合分析法解決了五服之制與封禪等久懸不決的問題。比較法，是從文獻典籍入手比較同壹事物的不同記載，或者以歷史事件為綱，比較其演變過程中不同時期的特征。從比較異同中，發掘歷史的底蘊和脈絡。在比較中他發現了“官品”與“人品”的區別，將“孝廉”產生、演變、名存實亡的過程展示了出來，別開生面。通過比較他發現唐宋十六衛雖名稱有異，職責則是壹致。
馬端臨治學不信怪力亂神，反對道聽途說。因為他敢於破除迷信，包括對鬼神的迷信，包括對前輩學者的迷信，所以在糾謬正誤方面能夠屢建奇功。在糾謬正誤過程中，他圍繞主題，由點及面，對相關問題壹壹進行清理。對於自己有疑惑的地方，不隨便下判斷，而是指出可疑點，註明“當考”。
《文獻通考》時間斷限從遠古壹直寫到南宋寧宗嘉定五年（1212年）。對宋以前的歷史做了全面的總結，把歷史分成三個時期。第壹時期是太古時期，是指三代以前；第二個時期是夏商周三代；第三個時期是秦漢以後。他還對三個時期的特點做了總結，認為，第壹、第二時期的社會“有公天下心”；第三時期“無公天下心”，所謂“秦既滅六國，舉宇內而郡縣之，尺土壹民，皆視為己有”。雖然這種“公”、“私”分期方法不太妥當，但是這種宏觀的觀察分析歷史的方法在當時還是顯示了其進步性。
對於歷史的發展， 馬端臨認為是受“勢” 的支配， “不容不然”，“不容不如此”。而“勢”又是受“利”的支配。所以他認為像井田制封建制等已經成為過去，要想返回去是很困難的，後世不能幻想靠照搬古代的某種“良法”來解決現實政治問題和當前的社會危機。在這個認識基礎上，他贊同變法。對於兩稅法，他認為是“亂離之後，版籍既已隳廢，故不容不為權時施宜之舉”。他破除了那種理財之臣都是聚斂之臣的偏見。對王安石變法，他雖有批評，但基本還是肯定的。
他極力贊賞漢文帝、隋文帝躬履儉約，輕徭薄賦。而且對隋文帝為完成統壹，建新都、平陳、平叛花費大量錢財，毫不吝惜也做了充分的肯定。並且認為漢文帝的黃老無為之治與隋文帝重視法律，賞信罰必，是暗合孔孟之道的。
馬端臨編撰《通考》始於元世祖至元二十二年（1285年），成書於成宗大德十壹年（1307年），歷時22年。元仁宗延祐六年（1319年），道官王壽衍訪得此書進呈。此書得以流傳。自刊刻以來壹直得到好評。元人評價他：“行履端純，詞章雅麗，家傳鼎鼐之譜，幼館閣之儲，知前代之典章，識當世之體要。” “凡於治道有關者，無不彪分匯列，井井有條，治國安民，特舉而措之耳，此可謂濟世之儒，有用之學。”《四庫全書總目提要》雖對《文獻通考》頗多指責也還是肯定它：“然其條分縷析，使稽古者可以按類而考；又其所載宋制最詳，多《宋史》各誌所未備；按語亦多能貫穿古今，折衷至當。雖稍遜《通典》之簡嚴，而詳贍實為過之，非鄭樵《通誌》所及也。”
後人對馬端臨在南宋滅亡後獨善其身的做法也有所批評。特別是他為了不觸及元宋交兵，而把《文獻通考》截斷在嘉定五年（1212年），使宋代典章制度不能成為壹個完整的體系。
《文獻通考》問世後，代有續作，形成了壹套前後連貫自成系統的《文獻通考》系列。
《續文獻通考》有兩種。
明代王圻所撰。比《文獻通考》增加了節義、謚法、六書、道統、氏族、方外等門，發展成30 門。***254卷。年代上與《文獻通考》相銜接，上起南宋寧宗嘉定，下至明萬歷初年，輯宋末、遼、金、元、明史事議論，明代部分最為豐富。但因記載議論有關對金和後金（滿洲）之事，觸犯清的禁忌。《四庫全書》沒有收錄，也不在“十通”之列。
壹是清三通館在乾隆十二年（1747年）編撰。後經紀昀等校定。體例基本與《文獻通考》同，只是從郊社、宗廟兩門中分出群社、群廟。合計26門。記載從宋寧宗嘉定年間至明末四百多年政治經濟制度的沿革。對《文獻通考》所未詳的地方也有所補正。食貨部分占到了33卷，比重大大超過了《文獻通考》。
《清文獻通考》，《續文獻通考》的續編。乾隆時官修。成於乾隆五十二年。記事上起清初，下斷於乾隆五十年。體例與《續文獻通考》同，分26 門，***300卷。增加了前代所無的八旗田制等。
《清續文獻通考》， 《清文獻通考》的續編，近人劉錦藻纂。從1894年開始編，完成於1921年，首尾28年。***400卷。體例在《清文獻通考》基礎上又增加了外交、郵傳、實業、憲政四門，***三十門。年代與《清文獻通考》相銜接，包括乾隆五十壹年（1786年）以後到清末。其書還記載了很多清末新疆石油史料。
《文獻通考》最初刻於元泰定元年（1324年），有西湖書院刊本，現已不存。現存的有元後至元五年（1339年） 余謙補修本， 明正德十六年（1521年）慎獨齋劉洪刊本，嘉靖四年（1525年）馮天馭刊本，清乾隆十三年（1748年）武英殿刊“三通”合刻本，光緒二十二年（1896年）浙江書局刊本。比較易見的是商務印書館1936年的萬有文庫“十通”本。其中以晚出的浙江書局本錯誤較少。中華書局、浙江古籍出版社都有影印本出版。2011年9月，中華書局以清乾隆十二年校刊的武英殿本為底本出版點校本。