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祝由科，自元代即列入太醫院十三科。祝由二字，最早見於醫書《素問》（成書年代或說為漢、晉間，或說唐初），謂上古之人治病，不用打針服藥，只要移易精神、變換氣質，請人施展祝由之術，即可搞定。只是，祝由術到底是壹種怎樣的法術？文獻無征，師承早斷，後來的人都說不明白。宋代王安石考證，《周禮》（成書年代約在戰國）中“祝藥劀殺”之“祝”，就是祝由。他說：“後世有以氣封瘍（即瘡）而徙之者，蓋變氣、祝由之遺法也。祝之不勝，然後舉藥，藥之不勝然後劀，劀之不勝然後殺”（《周官新義》卷四）；此謂治療各種瘍癥（腫瘍、潰瘍、金瘍、折瘍），先用祝由術，不行再敷藥、服藥，再不行則動手術。
只是，王安石說“以氣封瘍而徙之”即祝由，與趙翼親身嘗試“以傷移於人”的祝由，是不是壹回事呢？王安石說“徙之”，是說將瘍移走，沒具體說移到哪兒；趙翼則明白說，是移到他人身上。前者是醫術，後者是巫術，兩人能說到壹塊兒麽？
我們可以知道祝由術是壹門改變人的精神和氣場的學問，這門技術並不能治療內至五臟骨髓，外傷空竅肌膚的病。但可以治療人的氣場和精神除問題而產生的疾病。可見雖然今天很多人打著祝由的名號來騙人，但在早期會祝由的人很誠實的，直接說了我這是怎麽治病，什麽病我是治不好的。
祝由最擅長治心病，傳統醫學很早就發現，人心渙散，病是不會好的。《素問·湯液醪醴論》雲：“精神不進，誌意不治，故病不可愈。”精神不好沒求生意誌病是治不好的，反之人的精神好了，意誌力強了，病也更容易好。
有壹種傳說，謂祝由其實是壹個人，是湘西辰州（即今沅陵）人，他的法術並未失傳，即後世所謂“辰州術”（許奉恩《裏乘》卷三）。此術神通廣大，妙手回春不用說，還能起死回生，即有名的“趕屍”也靠這門法術來操控。近代以來，信者頗眾，大學者錢穆即其中壹員。據其自述，少年時曾目睹其事，謂，某人腿腫，求巫師治病，巫師在墻上畫了幾道，然後持刀劃壁，即有鮮血從壁上流出，及血流盡，患者腿腫亦登時消除。他不禁感嘆：“其理為人所不知，卻不得謂之是邪術”（《略論中國心理學》）。然而，大作家沈從文雖是祝由的“老鄉”，卻不信這個邪。他回鄉采訪壹個著名巫師，探問“趕屍”口訣，其人答曰：“不稀奇，不過是念文天祥的《正氣歌》”。又請他隨意表演，其人則推托，說：“功夫不練就不靈，早丟下了”。盤桓半日，不得要領。然而，沈從文似從巫師“服爾泰風格的微笑”看破了玄機：“為了壹種流行多年的荒唐傳說，充滿了好奇心來拜訪壹個熟透人生的人，問他死了的人用什麽方法趕上路，在他飽經世故的眼中，妳和瘋子的行徑有多少不同？”（《沅陵的人》）
沈從文說的自有道理，而趙翼、錢穆的自述也能打動人，且世人秉性多少有點“瘋”的成分，然則信與不信之間，是非究竟如何，實在難言。
當代學者李零將古代的巫術分為十六類，“以傷移於人”的巫術不是祝由，而是獨成壹類，如《封禪書》所謂“秘祝移過（禍）之法”。祝由，則不過“禱告鬼神”為人治病而已（《先秦兩漢文字史料中的“巫”》）。清代名醫徐大椿也說：“（祝由）古法今已不傳。近所傳符咒之術，間有小效，而病之大者，全不見功”（《醫學源流論》卷下）。可見，王、趙所說是兩回事。不過，王、趙兩種版本雖有善惡之別，皆系巫術，其實大同小異。
祝由之法，《內經》賊風篇岐伯曰：先巫知百病之勝，先知其病所從生者，可祝而已也。又移精變氣論，岐伯雲：古恬淡之世，邪不能深入，故可移精祝由而已。今人虛邪賊風，內著五藏骨髓，外傷空竅肌膚，所以小病必甚，大病必死，故祝由不能已也。由此觀之，則祝由之法亦不過因其病情之所由，而宣意導氣，以釋疑而解惑。此亦必病之輕者，或有感應之理。若果病機深重，亦不能有效也。古法今已不傳，近所傳符咒之術，間有小效，而病之大者，全不見功。蓋岐伯之時已然，況後世哉？存而不論可也.... ...
在《後漢書》中就有華佗以此治病的故事。說是壹個大官病了，華佗認為他必須大怒病才能好，就找那個當官的要了很多錢，拿到錢了就跑！跑還不說，還留了壹封信痛罵他。大官大怒，治病喊人去追殺華佗，此時因為太生氣了，吐了幾升黑血，病居然不治就好了！
《素問·陰陽應象大論》中的“怒傷肝”，“喜傷心”，“思傷脾”，“憂傷肺”，“恐傷腎”。又有悲勝怒”，“恐勝喜”，“怒勝思”，“喜勝憂”，“．思勝恐”，這種按五行生克關系來制定的“以情勝情”的治療方法。就像上文中的佗治病，祝由也通過改變人的情緒，幫人戰勝疾病。