截止2016年1月，中山大學擁有4個國家重點實驗室，1個國家工程研究中心，1個國家工程技術研究中心，以及國家新藥（抗腫瘤藥物）臨床試驗研究中心等國家級科研機構；擁有國家地方聯合工程實驗室（工程研究中心）8個；擁有10個教育部重點實驗室、1個教育部國際合作聯合實驗室以及5個教育部工程研究中心；擁有3個衛生部重點實驗室以及1個衛生部工程技術研究中心；擁有1個公安部重點實驗室。學校擁有31個廣東省重點實驗室，37個廣東省工程技術研究開發中心，以及8個廣東省工程實驗室。
中山大學擁有1個國家高端智庫試點單位、6個教育部人文社會科學重點研究基地、8個廣東省人文社會科學重點研究基地、1個國家漢辦重點基地、4個廣州市人文社會科學重點研究基地、1個珠海市人文社會科學重點研究基地，2個其他部委研究基地，已覆蓋了部、省、市三級文科重點研究基地。
國家級科研機構 光電材料與技術國家重點實驗室 有害生物控制與資源利用國家重點實驗室 眼科學國家重點實驗室 華南腫瘤學國家重點實驗室 水生經濟動物繁殖營養與病害控制國家專業實驗室 植物基因工程國家專業實驗室 南海海洋生物技術國家工程研究中心 數字家庭國家工程技術研究中心 國家新藥（抗腫瘤藥物）臨床試驗研究中心 海洋生物功能基因組國家開放實驗室 國家地方聯合工程實驗室（中心） 數字家庭互動應用國家地方聯合工程實驗室 半導體照明材料及器件國家地方聯合工程實驗室 河口水利技術國家地方聯合工程實驗室 物聯網芯片與系統應用技術國家地方聯合工程實驗室 臨床醫學分子診斷國家地方聯合工程實驗室 新藥成藥性評估與評價國家地方聯合工程實驗室 血管疾病診治技術國家地方聯合工程實驗室 RFID與物聯網芯片技術國家地方聯合工程技術研究中心
國家高端智庫試點單位 粵港澳發展研究院 教育部重點科研機構 聚合物復合材料及功能材料教育部重點實驗室 生物無機與合成化學教育部重點實驗室 基因工程教育部重點實驗室 水產品安全教育部重點實驗室 信息技術教育部重點實驗室 機器智能與先進計算教育部重點實驗室 眼科學教育部重點實驗室 腫瘤學與抗腫瘤藥物教育部重點實驗室 熱帶病防治研究教育部重點實驗室 幹細胞與組織工程教育部重點實驗室 南海海洋生物技術教育部工程研究中心 食品與安全教育部工程研究中心 數字家庭教育部工程研究中心 超級計算工程軟件教育部工程研究中心 基因疫苗教育部工程研究中心 教育部轉化醫學國際合作聯合實驗室教育部熱帶亞熱帶森林生態系統實驗中心 教育部人文社科重點研究基地 中國非物質文化遺產研究中心 歷史人類學研究中心 港澳珠三角研究中心 邏輯與認知研究所 馬克思主義哲學與中國現代化研究中心 中國公***管理研究中心 衛生部重點科研機構 眼科學衛生部重點實驗室 腎臟病臨床研究衛生部重點實驗室 輔助循環衛生部重點實驗室 醫藥生物衛生部工程技術研究中心 公安部重點科研機構 視頻圖像智能分析公安部重點實驗室 館藏資源
截止到 2012 年 12 月，中山大學圖書館紙質館藏總量達 616.03 萬冊 ( 件 ) ，其中，古籍圖書近 44.54 萬 冊；中文紙本期刊 61.33 萬冊；外文紙本期刊 35.24 萬冊；中文電子期刊 39368 種；外文電子期刊 42680 種；中文電子圖書 113.09 萬冊；外文電子圖書 45.10 萬冊；光盤及 網絡數據庫 300 多種； 多媒體光盤資源 5.75 萬片。中山大學圖書館同時還是中國高等教育文獻保障體系 (CALIS) 華南地區中心， CALIS 數字圖書館基地，中國高校人文社會科學文獻中心（ CASHL ）華南區域中心，教育部 16 個文科文獻信息中心之壹。
學術期刊 序號 期刊名稱 國際標準刊號（ISSN） 國內統壹刊號（CN） 1 中山大學學報（自然科學版） ISSN0529-6579 CN44-1241/N 2 中山大學學報（社會科學版） ISSN1000-9639 CN44-1158/C 3 中山大學學報（醫學科學版） ISSN1672-3554 CN44-1575/R 4 影像診斷與介入放射學 ISSN1001-7098 CN44-1391/R 5 現代臨床護理 ISSN1671-0275 CN44-1570/R 6 新醫學 ISSN0253-9802 CN44-1211/R 7 中華神經精神疾病雜誌 ISSN1002-0152 CN44-1488/R 8 癌癥 ISSN1007-1793 CN44-1195/R 9 眼科學報 ISSN1000-4432 CN44-1119/R 10 器官移植 ISSN1674-7445 CN44-1665/R 11 南方人口 ISSN1004-1613 CN44-1114/C 12 文化遺產 ISSN1674-0890 CN44-1649/G0 13 南方經濟 ISSN1000-6249 CN44-1068/F 14 邏輯學研究 ISSN1674-3202 CN44-1649/C 15 中華顯微外科雜誌 ISSN1001-2036 CN44-1206/R 16 公***行政評論 ISSN1674-2486 CN44-1648/D 17 現代哲學 ISSN1000-7660 CN44-1071/B 18 中華腎臟病雜誌 ISSN1005-8001 CN44-1217/R 19 嶺南現代臨床外科 ISSN1009-976X CN44-1510/R 20 嶺南急診醫學雜誌 ISSN1671-301X CN44-1539/R 21 熱帶醫學雜誌 ISSN1672-3619 CN44-1503/R 22 解剖學研究 ISSN1671-0770 CN44-1485/R 23 中華胃腸外科雜誌 ISSN1671-8283 CN44-1530/R 24 現代計算機 ISSN1007-1423 CN44-1415/TP 25 家庭醫生雜誌 ISSN1004-6348 CN44-1121/R 2001年-2015年，中山大學作為首席科學家單位承擔國家973計劃（包括國際重大科學計劃）20項，主持國家863計劃資助項目***18項，承擔國家自然科學基金重點重大類項目58項，理工醫科領域獲省部級以上科技獎勵47項，其中，12項國家自然科學獎二等獎、10項國家科技進步二等獎，17項研究分別獲中華醫學科學獎壹、二、三等獎。
2006年至2013年，中山大學在人文社科領域承擔國家社科基金重大項目12項，教育部哲學社會科學研究重大課題攻關項目10項，國家哲學社科基金項目重點及壹般項目189項。2011年，學校獲教育部人文社會科學研究壹般項目41項，立項數在全國高校並列第壹。“十壹五”以來，全校文科***獲省部級以上成果獎勵210項，其中，2006年獲第四屆全國高校人文社科成果獎16項，2007年獲廣東省2004-2005年度哲學社會科學優秀成果獎41項；2009年獲高等學校科學研究優秀成果獎（人文社會科學）18項，廣東省2006-2007年度哲學社會科學優秀成果獎43項；2011年獲廣東省2008-2009年度哲學社會科學優秀成果獎45項；2013年獲得高等學校科學研究優秀成果獎（人文社會科學）15項，獲廣東省2010-2011年度哲學社會科學優秀成果獎57項。