對於南極長生大帝的來歷，有兩種說法：其壹為元始天王長子之說。
據道經《高上神雷玉清真王紫書大法.序》載：“昔太空未成，元炁未生，元始天王（玉皇大帝在開天辟地時空裏的形象）為昊莽溟律大梵之祖，凝神結胎，名曰混沌。混沌既拆，乃有天地。中外之炁，方名混虛。元始天王，運化開圖，金容赫日，玉相如天，陶育妙精，分辟乾坤。乃自玉京上山下遊。遇萬炁祖母太玄玉極元景自然九天上玄玉清神母（太元聖母），太元聖母道體智慧化生八子，有子名為南極長生大帝。亦號九龍扶桑日宮大帝。亦號高上神霄玉清王。壹身三名，其聖壹也。”這位真王，凝神金闕，思念世間壹切眾生三災八難，壹切眾苦九幽泉酆，壹切罪魂受報緣對。又因牿劫相求，無量眾苦，不舍晝夜，生死往來，如旋車輪。故真王以神通力，憫三界壹切眾生，即詣玉清天中元始上帝，金閥之下，禮請殷勤，乞問紫微上宮紫玉瓊蕊之笈，於九霄寶箓之內，請《神霄真王秘法》壹部三卷……元始上帝即敕太皇萬福真君以《高上神霄玉清真長生護命秘法》傳付下世。其二為元始天王第九子之說。
據道經《高上九霄玉清大梵紫微玄都雷霆玉經》稱元始天王“第九子位為高上神霄玉清真王長生大帝，專制九霄三十六天，三十六天尊統領”。同時，《高上神雷玉清真王紫書大法》卷壹《元始八子封職》中對南極長生大帝的神職亦有記載，謂南極長生大帝任高上神雷玉清王，職太陽九炁玉賢君、玉清保仙王，諱棍洞，字曜華。同卷《八帝封號官職位》中亦稱：“第壹子任神霄玉清天王，綽霄太平應化道主大帝，遙領扶桑太陽九炁神君。
簡單解釋，道教典籍中說：南極長生大帝，為實現元始天尊的意誌，傳播大道智慧，在中國上古文明裏，顯化在陜西寶雞羊角山，為炎帝壹世（神農氏，也即是大庭氏）。，炎帝壹世（神農氏）在大羅天、九天界為長生大帝，玉清真王。在冥界為行政、管理冥界眾生之主。為現任冥界主宰。
炎帝帝位傳承到炎帝八世（帝瑜岡），天下道衰。於是黃帝顯化，以傳大道文明薪火。炎黃壹脈相承，在道教古籍中，有黃帝為炎帝九世的描述。
雷聲普化天尊，在大羅天界，為中天紫微北極太皇大帝，在九天天界，為九天應元雷聲普化天尊。為實現元始天尊的意誌，傳播大道智慧，在中國古文明開端時，顯化為黃帝。