1、定義不同
神女為女神古稱。神女與女神，是古代中國文學對神話中神祇女性的稱謂；
仙女形容品德高尚，智慧非凡，纖塵不染，高雅脫俗，且具有非凡能力、長生不死的女子和較高地位的神。
2、出處不同
神女多見於古籍。如戰國時期楚國宋玉《神女賦》：“夫何神女之姣麗兮，含陰陽之渥飾”（要說神女姣艷的美麗啊，那真是得天獨厚的美質。）即指天帝小女兒巫山神女。
仙女源於中國神話，如西王母，姑射仙子，嫦娥仙子，冰仙女等等；西方的仙女是童話或神話傳說中的壹種女性靈物或精靈，經常被描述為壹種超自然或不可思議的靈物。
3、含義不同
神女包含廣泛，有巫山神女、仙女、妓女、鵲的別名、燕的別名的含義；
仙女則只是單單指長生不死的女子和較高地位的神。
參考資料：
百度百科-仙女參考資料：
百度百科-神女