1.魯夫(公元1602~1616，明萬歷年間30-44年)編纂的《神農本經》三卷，是根據《鄭雷本草》和《本草綱目》所引原文編輯而成。
2.孫星衍、孫鳳儀根據《證本草》中的白字編成《神農本草經》三卷(公元1799，清嘉慶四年)。每篇文末都引用了《烏普本草》、《名醫阿別錄》、《淮南子》、《抱樸子》、《太於萍蘭》、《爾雅》、《說文》等古籍，考證詳實，引文詳盡，材料豐富，是壹部較好的叢書。
3.顧觀光系列神農本草經(公元1844，清道光二十四年)分序、上品、中品、下品四部。按照《本草綱目》第二卷所載《神農本草經》目錄排列藥物順序。所有的經文都取自《證》的草藥。唐宋書籍所引者，出證本草，亦入之。
4.《神農本草》四卷(公元1854年，日永嘉7年，清鹹豐4年)。依據方、方、唐本草、證本草、名本草等。不做“考證”，附在後面。
5.王闿運編《神農本草》三卷(公元1885，光緒11)。由《證本草》整理而成。王不是醫學和考證方面的專家，所以這本書的內容比較馬虎。
6.蔣編《神農本經》壹卷，未分卷(公元1892，光緒18)，按《本草綱目》編。
7.劉的《神農本草經》分上下兩卷(本碩、)(公元1948年)，是從古代醫學、經序、朱書墨書法、前代版本校勘等方面辨析該經學術淵源，考察該經學術淵源的門戶。
在上述七種版本中，流傳較廣的是孫和顧的版本。經過編者的考證和考證，這些版本基本上接近其原始面貌。