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西漢初年，漢高祖劉邦不廢秦代挾書之律，蔑視儒學■■和儒生。在這種情況下，儒家學術源流幾乎完全斷絕，除了叔孫通略定禮儀的事例以外，不見儒家有什麽活動。博士制度在漢初依然存在，高祖曾以叔孫通為博士，文帝曾以申公、韓嬰、公孫臣等人為博士，但是博士人數不多，不過具官待問而已，不受當世的重視，在傳授文化方面也沒有起多大的作用。
在學術思想發展的低潮中，道家的黃老無為思想為漢初統治者所提倡，居於支配地位。道家重視成敗存亡的歷史經驗，主張清虛自守，卑弱自持，所以它適應農民戰爭後的政治形勢，適合恢復生產、穩定封建秩序的需要。膠西蓋公好黃老之言，惠帝初年應齊丞相曹參之請仕於齊國。蓋公認為治道貴清靜而民自定，這個見解比齊國儒生的議論切合實際，在幫助曹參安集百姓方面起了重要作用。道家奉老子的《道德經》，有可考的傳授源流，但是世無師說，學術內容可以在很大的程度上隨時損益，使之切合當時統治者的具體要求。所以漢初統治者把黃老之言當作“君人南面之術”加以利用，而各種不同流派的思想家也都樂於稱說黃老之言。
西漢初年陸賈的《新語》，包含了黃老的政治思想。陸賈針對漢初的政治經濟形勢，探討了“以寡服眾，以弱制強”的統治方法，認為“道莫大於無為，行莫大於謹敬”。馬王堆出土漢文帝時墓葬中的《經法》等多種帛書，是當時流行的黃老著作。系統地闡明道家哲學思想的著作《淮南鴻烈》，也叫《淮南子》，是武帝時淮南王劉安集賓客寫成的。《淮南子》問世時，黃老思想在政治上已不占支配地位了。
在漢初特定的社會條件下，統治者無為而治，使農民生活比較安定。社會生產較易恢復，也使漢朝的統治秩序漸形鞏固。但是到了文、景時期，無為而治又產生了新的問題：王國勢力淩駕朝廷，商人豪強日甚壹日地兼並農民，匈奴對漢無止盡地慢侮侵掠。因此，無為而治已不再適應經濟、政治的需要了。賈誼大聲疾呼，提出變無為為有為的要求，他在《治安策》裏說：“夫俗至大不敬也，至亡（無）等也，至冒上也，進計者猶曰毋（無）為，可為長太息者此也。”
文、景時期，出現了由無為到有為、由道家到儒家的嬗變的趨勢。那時候，挾書令已被禁止，留存於民間的壹些古籍陸續為世人所知。舊秦博士伏生出其壁藏《尚書》二十余篇，文帝曾使晁錯從他受業。博士之數達到七十余人，百家雜陳而儒家獨多。儒家的《書》、《詩經》、《春秋》以及《論語》、《孝經》、《孟子》、《爾雅》，都有博士，其中《詩》博士有齊、魯、韓三家，《春秋》博士有胡母生、董仲舒兩家。這種情形，為漢武帝劉徹獨尊儒術提供了有利的條件。
武帝建元元年（前140），武帝采納丞相衛綰之議，罷黜治申、商、韓非、蘇秦、張儀之言的賢良。好黃老的竇太後（武帝祖母）力加反對，借故把鼓吹儒學的禦史大夫趙綰和郎中令王臧系獄。儒家勢力雖然暫時受到打擊，可是建元五年，武帝設置五經博士，儒家經學在官府中反而更加齊備。建元六年竇太後死，武帝起用好儒術的田■為相。田■把不治儒家五經的太常博士壹律罷黜，排斥黃老刑名百家之言於官學之外，並且優禮延攬儒生數百人。這就是有名的罷黜百家，獨尊儒術。獨尊儒術以後，官吏主要出自儒生，儒家逐步發展，成為此後兩千年間的正統思想。這種情況對於學術文化的發展是不利的，但是在當時卻有利於專制制度的加強和國家的統壹。
取得獨尊地位的儒家，在先秦儒家仁義學說之外，吸取了陰陽家神化君權的學說，極力鼓吹封禪和改制。元封元年（前110），武帝舉行封禪大典。太初元年（前104），武帝頒令改制，以漢為土德，色上黃，數用五，定官名，協音律，並采用以正月為歲首的《太初歷》，代替沿用了百余年的以十月為歲首的《顓頊歷》。新的儒家也吸取了法家尊君抑臣的思想，並力圖甲刑法加強統治。所以漢武帝壹方面“外施仁義”，壹方面又條定刑法，重用酷吏。董仲舒把儒學引入法律，以《春秋》經義定疑獄，為判例二百余則，稱為《春秋決獄》，亦稱《春秋決事比》。以後，漢宣帝劉詢宣稱漢家制度是霸道（法）王道（儒）雜而用之，不主張純用儒家的德教。
儒家的獨尊，有董仲舒倡議其間，而且新儒學的思想內容，也由他奠立基石。董仲舒，廣川（今河北棗強境）人，習《公羊春秋》，景帝時為博士。武帝時，他上《天人三策》，系統地闡明了他的哲學思想和政治思想。他著有《春秋繁露》壹書。
董仲舒認為人君受命於天，進行統治，所以應當“屈民而伸君，屈君而伸天”。如果人君無道，天即降災異來譴告和威懾。如果人君面對災異而不思改悔，就會出現“傷敗”。因此人君必須“強勉行道”。這就是他的具有神秘色■彩的“天人感應”學說。他認為《春秋》壹書著錄了長時期的天象資料，集中了天人相與之際的許多解釋，所以後世言災異要以《春秋》為根據。
董仲舒主張“道之大原出於天，天不變道亦不變”。這是他的形而上學的宇宙觀和歷史觀。同時他又認為朝代改換，有舉偏補弊的問題。他認為秦朝是亂世，象“朽木糞墻”壹樣，無可修治，繼起的漢朝必須改弦更張，才能“善治”，這叫做“更化”。更化不但應表現為改正朔，易服色，制禮樂，而且還應表現為去秦弊政。這就是他提出限民名田、禁止專殺奴婢等要求的理論根據。不過在他看來，“王者有改制之名，無易道之實”，所以改制並不影響天道不變的理論，不影響封建統治的基礎。
董仲舒據《公羊春秋》立說，主張壹統，認為《春秋》大壹統是天地之常經，古今之通誼。他的所謂壹統，就是損抑諸侯，壹統乎天子，並使四海“來臣”。但是如果師異道，人異論，百家殊方，旨意不同，人君就無以持壹統。因此他要求罷黜百家，獨尊儒術。
對於人君應當如何實行統治的問題，他主張效法天道。在他看來，天道之大者在陰陽，陽為德，陰為刑，所以人君的統治必須陰陽相兼，德刑並用。天道以陽為主，以陰佐陽，因此人君的統治也應當以德為主，以刑輔德。他的所謂德，主要是指仁義禮樂，人倫綱常。他以君臣、夫妻、父子為王道之三綱，並認為三綱可求於天，與天地、陰陽、冬夏相當，不能改變。他主張設學校以廣教化，因為這是鞏固封建統治的最可靠的堤防。
董仲舒的新的儒家學說，主旨是維護封建秩序。它適應文、景以來政治、經濟發展的要求，對於鞏固國家統壹，防止暴政，緩和對農民的剝削壓迫，有其積極作用。
武帝以來，儒學傳授出現了壹個昌盛的局面。博士官學中不但經學完備，而且由於經學師承的不同，壹經兼有數家，各家屢有分合興廢。甘露三年（前51），宣帝召集蕭望之、劉向、韋玄成等儒生，在石渠閣會議講論五經異同，由他自己稱制臨決。宣帝末年，《易》有施、孟、梁丘，《書》有歐陽、夏侯勝、夏侯建（大、小夏侯），《詩》有齊、魯、韓，《禮》有後氏，《春秋》有公羊、谷梁，***十二博士。其中梁丘《易》、夏侯《尚書》、谷梁《春秋》等博士是新增加的。博士就是經師，他們的任務是記誦和解釋儒家經典。他們解經繁密駁雜，有時壹經的解釋達百余萬言。博士有弟子，武帝時博士弟子五十人，以後遞增，成帝時多至三千人，東漢順帝時甚至達到三萬人。經學昌盛和博士弟子眾多，主要是由於經學從理論上辯護漢朝的統治，因此統治者對儒生廣開“祿利之路”的緣故。
在儒學發展的同時，也出現了搜集與整理圖書的熱潮。漢武帝敕丞相公孫弘廣開獻書之路，還設寫書官抄寫書籍。當時集中的圖書數量頗多，外廷有太常、太史、博士之藏，宮內有延閣、廣內、秘室之府。以後成帝命陳農訪求天下遺書，又命劉向總校諸書。劉向校經傳、諸子、詩賦，任宏校兵書，尹鹹校數術（占蔔之書），李柱國校方技（醫藥之書）。每壹書校畢，都由劉向條成篇目，寫出提要。劉向子劉歆繼承父業，完成了這壹工作，並且寫出了《七略》壹書。《七略》包括《輯略》（諸書總要）、《六藝略》、《諸子略》、《詩賦略》、《兵書略》、《數術略》、《方技略》，總***著錄圖書壹萬三千二百六十九卷。它是中國第壹部目錄書，它著錄的書目，大致都保存在《漢書·藝文誌》中。
劉歆在校書的過程中，發現了壹些經書的不同底本。原來西漢博士所用經書，是根據老儒口授，用當時通行的隸書寫成的，而民間卻仍有用秦以前由古文字寫成的經書。劉歆宣稱他發現了古文《春秋左氏傳》，他還說發現了《禮》三十九篇（《逸禮》），《尚書》十六篇（《古文尚書》），這兩種書是魯***王壞孔子舊宅而得到，由孔子十二世孫孔安國獻入秘府的。劉歆要求把這些書立於學官，並與反對此議的博士進行激烈辯論，指斥他們“因陋就寡”，“保殘守闕”，“信口說而背傳記，是末師而非往古”。這場論戰之後，經學中出現了今文和古文兩個流派，各持不同的底本，各有不同的經解。王莽當政時，為了托古改制的需要，曾為《古文尚書》、《毛詩》、《逸禮》等古文經立博士。王莽還命甄豐是正經典文字。東漢初年，取消古文經博士，復立今文經博士，***十四博士。東漢時期民間立館傳經之風很盛，某些名學者世代傳授某經，形成了經書的“家法”，著錄生徒成千上萬人。在民間傳播的經學，有很多是古文經（見經今古文學）。