百會穴首見於《針灸甲乙經》，位於頭頂正中線與兩耳尖連線的交叉處，歸屬於督脈，人體的手足三陽經（手太陽小腸經、手陽明大腸經、手少陽三焦經；足太陽膀胱經、足陽明胃經、足少陽膽經）在這裏與督脈會合，為人體陽氣盛極之處，故中醫稱其為“諸陽之會”。
百會穴居巔頂，也曾稱昆侖穴，因為從中國的地勢來講，昆侖山脈是群山之首，尤如世界屋脊，所有的山脈河流多是由此源源而下，有“中國第壹神山”、“萬祖之山”之稱。取昆侖之名，意喻此穴位和昆侖山脈壹樣，俯瞰著大地萬物。後因為與腳後跟的昆侖穴同名，故取消了這壹名字。
《古法新解會元針灸學》記載：“百會者，五臟六腑奇經三陽百脈之所會，故名百會”。道家稱百會穴為“壹身之宗，百神之會”，就好像電視劇裏面的華山論劍，各路英雄豪傑匯聚於此，兼四周經穴密布，大有百脈朝宗，君臨天下之勢。中醫認為腦為元神之府，若將其比作京城，則天子腳下，能人異士很多，所以也從來都是是非紛擾之地，百會穴寄居此地，要負起保障壹方安寧的作用。所以，百會穴可主百病。
歸納總結百會穴的主治疾病有：
1．百會穴具有開竅醒腦、回陽固脫的功效。故但凡腦部的疾病，如頭痛（配曲鬢穴、天柱穴治腦血管痙攣、偏頭痛）、頭暈目眩（配養老穴、風池穴、足臨泣穴治美尼爾氏綜合征）、失眠、焦躁、癲癇（配水溝穴、京骨穴治療大發作）、卒中（失音不能言語配天窗穴；配人中穴、合谷穴、間使穴、氣海穴、關元穴治屍厥、氣脫），都可以通過百會穴治療。
2. 百會穴對於人體最重要的血液循環也可以調理，如高血壓或低血壓（配水溝穴、足三裏穴），可以通過刺激穴位來調理血壓。現代研究表明，百會穴淺表分布著豐富的神經和血管，如枕大神經、額神經分支，深層為大腦皮層運動區和旁中央小葉附加運動區，局部為周邊向中央結聚的動靜脈網，因此刺激此穴對改善中樞神經的功能及血液循環有直接調節作用。有研究發現，將壹塊砭石放在百會穴，通過微循環監視器上可以看到，血流量能夠增加20%以上。
3. 可治療氣陷、氣脫證，如小兒脫肛（配長強穴、大腸俞穴）。
4. 可治療炎癥（配腎俞穴，回旋灸）
5. 可戒煙（配神門穴）
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在中醫臨床上，對百會穴的治療可采用針刺、艾灸、放血、埋線、藥敷等方法。另外老百姓長期堅持對百會穴進行保健或鍛煉，可達到益智開慧，補陽填陰，澄心清神，延年益壽的作用，但保健手法應輕柔，如每次按順時針方向和逆時針方向各按摩50遍，每天3次，效果良好。另外，還可以采用空心掌叩擊，點揉、溫灸、刮痧、梳頭等方法進行日常保健。