“六氣解”中對病因的解釋只有壹個，就是六氣。在黃元禦的六氣學說中，臟腑、經絡、五行、氣象、物候等都與人體健康息息相關，其體系可謂青出於藍而勝於藍。根據六氣學說，將病因概括為“厥陰穆峰”、“少陰軍火”、“少陽香火”、“太陰濕土”、“陽明燥金”、“太陽冷水”。然而，每壹種氣都是包羅萬象的，所以讓我們先從“厥陰穆峰”來解釋它。
黃元禦認為“風是厥陰木氣轉化而來的”，這意味著大氣是由厥陰木氣轉化而來的。那麽，這種厥陰風樹在自然界的進化形式是怎樣的呢？黃元禦認為“風在天，木在地，肝在人”，這是用天地人三才的觀念來對應厥陰穆峰的演變。根據經絡與臟腑的對應關系，厥陰的風木可分為足厥陰和手厥陰兩部分。足厥陰肝木以風木為主無可厚非，但是手厥陰心包經火了，風木怎麽能主導秩序呢？其實這個概念在之前的《六奇從化》中已經有過描述。在這裏，手厥陰心包火實際上隸屬於足厥陰肝木，化為木氣。根據五行生克理論，木生火，如果木氣旺盛但內熱不強，其實內熱是包含在木氣中的。就像鉆木取火壹樣，這種憤怒其實是藏在火出來之前的木氣裏的。
厥陰穆峰氣化的起源是什麽？黃元禦指出“當冬天的水關閉時，春風將激發靈感，太陽將從地面升起，商業將萌芽”。這是什麽意思？用壹首詩來回答，就是“冬天來了，春天還會遠嗎？”是的，厥陰風木的氣化來自於冬季水的封閉。如果春風融化了，如果沒有冬天，怎麽會有春回春風呢？畢竟四季如春的可能性比較大，但是四季如春的可能性非常小。除了冬季水的封閉儲存，風木氣化還有壹個很重要的因素，就是土氣的擡頭。如果鄉村氣息暫時不夠濃厚，可以依靠木質氣息來提升鄉村氣息。如果木質的氛圍達不到，那就要靠鄉村的氛圍到處去達到。為什麽會這樣？黃元禦解釋說“蓋厥陰肝木生於腎水，長於脾土”。想象壹下，沒有水和土壤，木頭是無法長久生存的。
從生理病理演變的角度來看，“水土和則肝旺，木靜則風平；水寒土濕，不能長木本，故木滯而生風。”。意思是腎水脾土性溫平和，就會滋養肝木。俗話說“壹方水土養壹方人”，如果是生理狀態，此時的樹木應該是靜止無風的。如果是病理狀態，腎水寒，脾土濕，就會導致肝郁，郁則煩躁，煩躁則“狂風暴雨”。黃元禦的解釋可謂高屋建瓴，壹針見血。
從五行屬性來說，木的性質是舒緩、通達。脾土崩，則抑制停止木之舒緩及達的表現，生發之意不暢，故抑脾土而郁怒。這時候我該怎麽辦？需要壹陣風，所以有“風在動，生疏”的說法。那麽，在病理狀態下，也就是“凡腹痛、出汗、失血之證，皆為風木。”因為肝有“蓄血使皮多彩，強筋使爪傲”的功能，如果肝風動搖，就會“耗血使皮燥，爪脆肌急”。所以說“凡是嘴唇發黑，肌肉斷裂，縮爪的癥狀，都是無聊”。
肝木的病變就那麽簡單嗎？不是的，黃元禦認為肝病是“生生不息，乘除不止，無窮無盡”，這和風的特點類似，風好而多變，所以肝木引起的病變確實是極其復雜的。所以黃元禦也感慨:“故曰風木，五藏之賊，百病之長。”這和我們在《黃帝內經》中的觀念是壹致的，即“風為百病之源，直至其變為百病之源”，所以很多疾病都離不開風木。難怪黃元禦說，“壹切疾病都是由木氣郁結引起的”。
肝木有促進毛發生長的力量，但缺乏毛發生長活力的人，往往十有八九是這樣，木的活力被壓抑，毛發生長的活力變弱，所以會變成各種疾病。木是水和火的中氣。若發生病變，則“郁，水火不相容，外燥內濕，寒下熱”。手厥陰心包火雖屬火，但只要“厥陰之氣順”，心包經就會順著厥陰主部之氣的名稱，化為風，藏火之力，藏火於木。但如果“厥陰之氣郁”，就會出現厥陰之病，於是就有了“厥陰之病，下滿寒濕，上兼風熱”