1.當時秦國剛剛建立，面臨著大壹統的局面。戰國時期百家爭鳴的思想局面，顯然不適合思想統壹。而且在當時，更適合用法家來建立中央集權的國家。焚書坑儒就是在這種背景下發生的，正是為了滿足建立威權政治體制的需要。
2.壹些儒生和遊客引用儒家經典，用古代聖賢的話批評時政，招致秦始皇不滿。《史記·秦始皇本紀》:皇帝聽說了侯生、呂生的死訊，大怒，說:“我以前收集天下無用之書。有許多文學方士，他們想促進和平與繁榮，方士想實踐神奇的藥物。今天聽說韓仲不報，徐石等費用幾萬塊。最後他拿不到藥，卻把強奸獲利的事告訴了日本人。盧生和其他人壹直對我很好，但現在他們誹謗我，這對重吾不好。生在鹹陽者，我使人賤問，或以其誓。”於是建議向學生詢問案情，學生們互相講述了這件事。是因為犯禁的460多人都在鹹陽，好讓世人知道，懲罰他們。漸漸地，我搬到了邊境。
3.在關於郡縣制的爭論中，宰相李斯斥責了儒家按古制實行封建制的思想。秦始皇三十四年(公元前213年)，齊春於越博士反對當時實行的“郡縣制”，要求按古制分封子弟。宰相李斯予以駁斥，主張禁止民眾以私學取經，汙蔑國家大事。秦始皇聽從李斯的建議，下令焚毀除季芹以外的其他國家的史籍，還限期上交並焚毀民間醫藥占蔔、植樹的書籍和私人收藏的不屬於博士館的詩文書籍；有人敢談“詩”“書”處決，用過去滅絕民族；私塾是禁止的，想學法律的要以官為師。