20世紀90年代初，中國的改革開放進入了新的發展階段，出版事業蓬勃發展，新建出版社不斷湧現。但在甘肅，卻只有甘肅人民出版社和蘭州大學出版社兩家獨立建置出版社。於是，當時的甘肅省新聞出版局領導抓住機遇，在1992年底向國家新聞出版署提交了申辦壹家新出版社的報告。
1993年6月8日，中華人民***和國新聞出版署對甘肅省新聞出版局[1992]124號文發出《關於同意成立奔馬出版社的批復》（新出圖[1993]679號），文件明確：“同意成立奔馬出版社。該社的主管、主辦單位均為甘肅省新聞出版局”，並規定“該社按有關自費出版和協作出版規定專營自費出版和協作出版業務”。核定的出書範圍是：“西北古籍整理和文化遺產類圖書，工程技術、自然科學方面的論著，專業文集、社會科學方面的學術著作。”這壹天標誌著甘肅文化出版社的誕生。
1993年12月3日，由於奔馬出版社這個社名定位不夠明晰，中華人民***和國新聞出版署對甘肅省新聞出版局[1993]145號文發出《關於同意奔馬出版社更名的批復》（新出圖[1993]1574號），文件“同意奔馬出版社更名為甘肅文化出版社，該社的出書範圍仍以我署新出圖[1993]679號文件為準，不作變更”。至此，奔馬出版社正式更名為甘肅文化出版社。
1994年，甘肅省新聞出版局黨組任命孟臻同誌兼任甘肅文化出版社社長，任命何興民同誌為甘肅文化出版社副總編輯，成為文化社的第壹任社長和總編輯。
2009年6月，甘肅文化出版社向省新聞出版局提出了《關於轉制為甘肅文化出版社有限責任公司的報告》（甘文出[2009]23號）。並隨文提交了公司章程和實施方案。
2009年11月6日，中***甘肅省委文化體制改革工作領導小組向省局發出了《關於甘肅文化出版社轉企改制方案的批復》（省委文改發[2009]4號）。
2009年12月8日，省局下發了《甘肅省新聞出版局關於同意甘肅文化出版社轉制為甘肅文化出版社有限責任公司的批復》（甘新出[2009]293號）。
2009年12月15日，中***甘肅省新聞出版局黨組發出《關於甘肅文化出版社有限責任公司董事會組成人員等的通知》（甘新出黨組[2009]41號）：董事會組成人員5人，謝國西任董事長，為法定代表人。監事王奕。總經理謝國西，副總經理車滿寶、管衛中、溫雅莉。職工代表董事1人，由職工代表大會選舉產生後報省局備案。
2009年12月28日，甘肅文化出版社有限責任公司成立大會在蘭州寧臥莊賓館禮堂隆重舉行。公司的成立，標誌著甘肅文化出版社發展歷史新的開始，奮鬥目標是：建設具有獨立法人資格、依法享有民事權利、獨立承擔民事責任、統壹經營授權國有資產、承擔國有資產保值增值責任、自主經營、獨立核算、自負盈虧、自我發展、特色鮮明、具有較強核心競爭力的現代出版傳媒企業。
2012年，甘肅省新聞出版局對甘肅文化出版社有限責任公司領導班子作了新的調整：王奕任董事長（社長），謝國西任黨支部書記，溫雅莉任總經理，管衛中任總編輯，車滿寶任副總編輯。