全國劃分為中書省和11個行中書省，以及總制院（1288年更名為宣政院）所管轄的吐蕃地區。
另外，元朝皇帝名義上同時又是作為壹切蒙古君主的君主的蒙古大汗，其汗國在名義上對四大汗國擁有最高的宗主權，因而其領土在某些時候被泛指為整個蒙古帝國的領土，而蒙古帝國曾壹度囊括了歐亞大陸的廣大地域。不過，蒙古帝國實際上早在忽必烈時期已經分裂，各個汗國都已形成獨立的國家，各自為政，甚至有時互相交戰，因此蒙古大汗所在的汗國的疆域並不包括各汗國領土。而元朝設立的行政機構（如行中書省和宣政院）也未包括這些領土。