馬繼興先生深知，許多古醫籍雖佚失國內，卻收藏海外。因此他有壹個心願：盡早讓先人留下的寶貴知識遺產——古籍善本回歸故裏。為此，數十年前他就開始積累海外收藏中醫古籍的書目。先後三次申請經費，以“日本現存中國散佚古醫籍的考察與出版研究”為題，復印、拍攝回歸國內亡佚古醫書155種。在主持完成“考察當前流散海外中醫藥善本古籍及其回收途徑的研究”、“《海外中醫圖書聯合目錄》的編纂”等課題基礎上，領銜國家課題“國內失傳中醫善本古籍的搶救回歸與發掘研究”。已收集11個國家、2個地區（香港、臺灣）230種中醫古籍收藏目錄，復制回歸古籍266種，並影印、校點出版69種善本古醫籍，復制古籍達17萬葉。2003年出版的《海外回歸中醫善本古籍叢書》獲第四屆全國優秀古籍整理圖書二等獎、中華醫學會科技進步獎二等獎。馬繼興從事中醫藥科研工作60余年，出版學術著作25部，發表學術論文150余篇，帶教學生數十名。這些成就與碩果，使馬先生成為中醫藥文獻研究領域當之無愧的大家。