截至2014年5月，學校設有13個二級學院，設置21個本科專業。 學院專業基礎醫學院 中醫學(七) 中醫學(七)(傳統型中醫) 中醫學(七)(中西醫結合) 中醫學(七)(針灸推拿) 中醫學(七)(醫藥結合) 中醫學(七)(中醫學) 中醫學(五) 中醫學(五)(中醫學) 中醫學(五)(全科醫學) 中醫學(五)(骨傷科學) 中醫學(五)(中醫藥文獻信息工程) 中醫學(五)(醫藥法學) 中醫學(五)(中西醫結合) 中醫學(學分互認) 中醫學(專升本) 中西醫臨床醫學本科 康復治療學本科 中醫康復保健藥學院 中藥學本科 中藥學本科(藥學) 中藥學(學分互認) 中藥學(專升本) 藥學本科 制藥工程本科 制藥工程本科(生物制藥) 市場營銷本科 市場營銷(學分互認) 市場營銷(專升本) 市場營銷(運動員) 中草藥栽培與鑒定本科 中藥學專科 中藥學互認後專科 中藥資源與開發 市場營銷專科 市場營銷互認後專科 市場營銷專科 中藥經營與管理 針灸推拿學院 針灸推拿本科 針灸推拿本科(英語) 針灸推拿本科(運動醫學) 針灸推拿(專升本) 針灸推拿(學分互認) 營養學(本科) 針灸推拿(專科) 針灸推拿互認後(專科) 護理學院 護理學本科 護理學本科(英語) 護理學(學分互認) 護理學(專升本) 護理學(專科) 護理學互認後(專科) 護理學(專科) 人文社科學院 應用心理學(本科) 法學(本科)
公***事業管理(本科) 外國語學院英語信息管理學院 信息管理與信息系統(本科) 理工學院生物醫學工程(本科) 計算機科學與技術(本科) 眼視光學(本科)體育藝術學院運動人體科學(本科)國際教育學院 繼續教育學院 截至2014年5月，學校有3個博士後科研流動站，有3個博士學位授權壹級學科、15個博士點；8個碩士學位授權壹級學科、44個碩士點，碩士點涵蓋了中醫學、中西醫結合、中藥學全部二級學科，並開始向周邊學科滲透；擁有臨床醫學博士專業學位授予權和臨床醫學、中藥學、藥學、生物醫學工程碩士專業學位授予權。學校有2個國家重點學科和1個國家級重點（培育）學科，省級重點學科14個，國家中醫藥管理局重點學科29個。
博士後科研流動站（3個）：中醫學、中藥學、中西醫結合。
博士學位授權壹級學科（3個）：中醫學、中藥學、中西醫結合。
碩士學位授權壹級學科（8個）：中醫學、中藥學、中西醫結合、生物醫學工程、藥學、心理學、臨床醫學、護理學。
國家重點學科（2個）：中醫基礎理論、中醫醫史文獻。
國家重點（培育）學科（1個）：中醫內科學。
省級重點學科（14個）：中醫基礎理論、中醫醫史文獻、中西醫結合基礎、中藥學、針灸推拿學、中醫兒科學、方劑學、中醫婦科學、中醫內科學、中醫外科學、生藥學、眼科學、中醫骨傷科學、中醫全科醫學。
國家中醫藥管理局重點學科（29個）：中醫基礎理論、中醫文獻學、中藥藥劑學、中西醫結合基礎、中西醫結合臨床、中醫心病學、中醫腦病學、中醫腫瘤病學、中醫婦科學、中醫兒科學、中醫全科醫學、針灸學等。 截至2014年5月，學校有教職醫護員工3300余人（含三所直屬附屬醫院），其中，博士生導師76人，碩士生導師370人。1人先後榮獲國家“國醫楷模”、“國醫大師”榮譽稱號，有國家“973”項目首席科學家1人，全國傑出專業技術人員1人，全國優秀教師8人，省部級有突出貢獻的中青年專家12人，山東省“泰山學者”特聘教授8人，享受國務院特殊津貼43人，山東省教學名師8人，山東省有突出貢獻的名老中醫藥專家5人，山東省名中醫藥專家55人，山東省教學團隊6個，省級優秀創新團隊1個。
山東省高等學校省級教學團隊團隊名稱帶頭人入選時間中醫基礎理論教研室教學團隊孫廣仁2007年中醫診斷學教學團隊劉家義2008年中醫文獻學教學團隊王振國2009年針灸學課程教學團隊譚奇紋2010年中醫外科學教學團隊宋愛莉2011年中醫方藥學教學團隊王均寧2012年 山東省優秀創新團隊團隊名稱帶頭人入選時間情誌病癥研究創新團隊喬明琦2008年 質量工程
截至2014年5月，學校有4個國家級特色專業，1個教育部綜合改革試點專業，11個省級特色專業；建設2門國家級精品資源***享課，33門省級精品課程。學校有1個國家級實驗教學示範中心、1個國家級大學生校外實踐教育基地。
國家級實驗教學示範中心（1個）：山東中醫藥大學中醫藥綜合教學實驗中心。
國家級大學生校外實踐教育基地（1個）：山東中醫藥大學附屬醫院臨床技能綜合培訓中心。
國家級特色專業（4個）：中醫學、中藥學、針灸推拿學、制藥工程。
教育部綜合改革試點專業（1個）：中醫學。
省級特色專業（11個）：中藥學、制藥工程、康復治療學、護理學、應用心理學、信息管理與信息系統、眼視光學、中草藥栽培與鑒定、中西醫臨床醫學。
國家精品資源***享課（2門）：中醫基礎理論、中醫文獻學概論。
國家級精品課程（3門）：中醫基礎理論、中醫文獻學概論、中醫外科學。
省級精品課程（33門）：中醫基礎理論、中醫診斷學、中醫文獻學、中藥鑒定學、中藥商品學、針灸學、傷寒論、中藥藥劑學、中醫古漢語基礎、內經選讀、金匱要略、中醫兒科學、中醫外科學、中醫內科學、推拿學、方劑學、藥用植物學、中藥炮制學、針灸治療學、中藥學、中醫護理學、急救護理學、臨床護理綜合技能、護理管理學、中醫心理學、中藥資源學、藥用植物栽培學、生藥學、中藥化學、分析化學（儀器分析）、中醫各家學說、溫病學、中國醫學史。
合作交流
截至2014年5月，學校先後與亞洲、歐洲、非洲、美洲、澳洲、港澳臺等國家和地區的六十余所高等教育、醫療科研機構建立了長期的友好合作關系，合作辦學、合作辦醫。國際教育學院負責招收和培養外國留學生、臺港澳華僑學生，開展本科、碩士和博士三個層次的學歷教育及各類短期培訓項目，能夠用英語、日語、韓語等多種語言授課。現有外國留學生、境外合作辦學學生、港澳臺學生400余人。每年招收各類短期學習和進修生100余人。 館藏資源
截至2014年5月，學校圖書館館藏紙質圖書110萬冊、電子圖書47萬冊。館藏的中醫藥文獻中，線裝古籍2.9萬冊，包括木刻本、石印本、手抄本、影印本等，其中，乾隆以前出版的珍、善本圖書172種，***1700余冊，收藏最早的是明代正德十年（1515年）的《銅人針灸經》壹書，收藏最為完整的是《金匱傷寒》。圖書館館藏孤本書有十多種，包括明代天啟六年李盛春匯集的《醫學研悅》（***十冊壹函）、清代康熙年間的《按摩經》（手抄本）以及光緒二十二年葉天士的《秘本種子金丹》（石印本）等。
學術期刊
《山東中醫藥大學學報》是Caj-cd規範獲獎期刊，被國內多家數據庫長期收錄（如中國知網、萬方數據庫、清華同方、維普資訊等），2004年被國家科技部評選為中國科技核心期刊、中國科技論文統計源期刊。 厚德懷仁 博學篤行
厚德，猶大德。語出《周易·坤》：“地勢坤，君子以厚德載物。”《淮南子·氾論訓》亦謂：“故人有厚德，無間其小節。”厚德載物的意思是說，以深厚的德育人利物。
懷仁，其意為心懷仁德。語出漢陸賈《新語·道基》：“聖人懷仁仗義。”
博學，意為廣泛的學習。篤行，意為切實履行，專心實行。語出《禮記·中庸》：“博學之，慎思之，明辯之，篤行之。”《禮記·儒行》：“儒有博學而不窮，篤行而不倦。”其中“博學”、“審問”屬於學的過程，“慎思、“明辯”是思的過程，“篤行”則是習和行的過程，“博學”意指廣泛地學習人文知識及與醫學有知的科學文化知識；“篤”意指忠實，專註，壹心壹意。“篤行”意指對醫學事業專心致誌，鍥而不舍，知難而進，勇往直前，也包含有百折不撓，愈挫愈勇的精神。 1.校徽外圓半上部為藍色，書寫繁體的“山東中醫藥大學”；外圓下半部為綠色，書寫學校的英文全稱。
2.校徽中心的主體圖案是壹個紅色的“中”字，代表“中醫藥”。