王氏藏書，不少後歸黃丕烈。“余所收王蓮涇家書最多，皆得於其族孫處，猶是家藏未散本也。就中有《孝慈堂書目》，分門編類，敘次頗詳。以之求蓮涇所藏，雖久散之本，按其冊數之多寡，紙色之黃白，幾如析符之復合。可知書籍貴有源流也。”（黃丕烈《士禮居藏書題跋續錄》，葉昌熾《藏詩紀事詩》卷四引）可見兩家交往甚為密切。但從黃丕烈《天下郡國利病書跋》及《士禮居藏書題跋記》中關於《利病書》的記載看，王聞遠後人不曾對他談起《利病書》原稿。故張秋塘攜帶的《天下郡國利病書》原稿，可能早已從王氏流出。
士禮居的藏書，維持時間比傳是樓更短，未及黃丕烈去世，已經散出殆盡，其書多歸蘇州富豪汪士鐘的藝蕓書舍。黃丕烈身前曾為此感慨不已。道光五年（1825）七月七日，已經垂暮的他作《宋廛所藏唐女郎魚玄機詩》，成七絕八首，其八自註：“予家百宋壹廛中物，按圖索駿，幾為壹空。惟此以予所鐘愛，得以守之勿失。此宋廛百壹之珍也，子孫其世守之，勿為豪家所奪。”（江標《黃蕘圃先生年譜》卷下）
瞿鏞所編《鐵琴銅劍樓藏書目錄》，沒有關於《利病書》的記錄。也未見任何材料，提及《利病書》流入汪氏和瞿氏、楊氏。據嘉慶八年（1803）平江徐擷蕓跋雲：“此書向未付梓，流傳於前者悉皆抄本，余無從購覓，心竊誌之。壬戌之秋，錫山楊南池表兄過訪，道及同邑虞君錫綸家藏此書原本，間亦借人抄錄。”（國家圖書館所藏清烏絲欄抄本《天下郡國利病書》）據此，《利病書》原稿，可能在黃丕烈身前，早已流出。
現已不清楚其間《利病書》究竟經過多少轉折，落入何人之手。據詩人莫友芝說，同治六年（1867）九月，他客居蘇州，有人想出售興化某氏家藏《天下郡國利病書》原稿，書末有黃丕烈跋（《宋元舊本書經眼錄》卷三）。遺憾的是，莫友芝沒有寫明某氏的真實姓名。光緒三十二年（1906）八月十五日，葉昌熾在蘇州時，赴同年吳訥士昆仲之約，看到吳氏收藏的《利病書》初稿（《緣督廬日記抄》卷十二）。吳訥士為晚清名臣吳大澄之侄。據此，《利病書》似乎並未離開蘇州。
宣統元年（1909），《利病書》返回故土昆山。據當事人王頌文說：“光緒之季，方君惟壹（還）與頌文見此書於郡城吳君訥士書齋，相與驚奇，以為幸遇。越年，亭林崇祀孔廟，惟壹復謁訥士，述鄉人意，欲乞得此書，以紀念亭林。吳君慨然許諾，乃奉書歸藏亭林祠。及圖書館成，遂移庋其中。”（《四部叢刊》三編本《天下郡國利病書跋》）
1933年，昆山縣縣長彭百川、圖書館館長王頌文、教育局局長潘鳴鳳合議決定將《利病書》原稿交上海商務印書館影印，列《四部叢刊》三編中。這也是商務印書館（涵芬樓）第壹次用影印原稿的形式出書，可見張元濟等人對此書的重視和珍惜。現華東師大古籍研究所整理、上海古籍出版社出版的《顧炎武全集》，其中《天下郡國利病書》，即以《四部叢刊》三編本為底本，這也是迄今第壹部校點本。