死海古卷涉及古希伯來聖經的內容，宗教界曾憂慮它的內容會對猶太和基督教造成沖擊，據報天主教教廷曾試圖阻止死海古卷公開。
托夫承認，所有古卷內容都沒有提及耶穌基督和施洗者約翰，以及新約《聖經》中提及的種種宗教事跡，預計古卷內容會再次撩起有關《聖經》內容真偽的爭議，不過他本人認為，沒有提及耶穌，只是因為其中大多數的古卷都是寫於耶穌出生前的時間，總體而言，古卷內並沒有令到猶太和基督教會受到負面影響的內容。
其中壹份古卷寫下了壹首希伯來文的「感恩之歌」，托夫用這首歌獻給「偉大的紐約市和紐約市長朱利亞尼，在九壹壹襲擊中的英雄行為」，以及紀念美國和以色列的友誼。
死海古卷獲發現後，負責考證和將古卷碎片分類組合的部分學者，由於害怕它的內容會對基督和猶太教造成沖擊，加上工作艱巨，以及政治變化(以色列和阿拉伯國家六七年爆發「六日戰爭」後，以國強占了約旦河西岸)，編纂過程極慢，四十多年竟只壹***只出版過八冊。直至九壹年起由托夫領導的編輯小組接手，工作才能迅速推展，死海古卷得以全數出版成三十七巨冊，由牛津大學出版社以《猶太沙漠的發現》書名出版。