淳於意在脈診方面的成就是很突出的。據《史記》載，中醫利用脈診於臨床，是戰國時期的扁鵲首先提出並實踐的。早期的脈診，是壹種“三部九候”法，即對病人的頭頸部、上肢及下肢，都要摸脈診斷，這在實際應用中，有很多不便。有鑒於此，淳於意經過長期實踐和摸索，進行了壹些改革。他在診脈時。只利用“寸口”的切脈法，即只切候上肢腕部的動脈。他所記錄的25例病案中，有20例都有脈象記錄，說明脈診在他診斷過程中所占的重要位置。“寸口”脈在當時又叫“氣口”，是簡便而有效的切脈診斷法，這種方法壹直沿用下來。淳於意對脈診的內容有深入細致的記載。他認為人體內部臟腑的狀態，可以從切脈中反映出來，如在診籍中就提到有“心脈”、“肝脈”、“腎脈”，還提到如“脈無五臟氣”的情況，這是利用脈診判斷人體內部臟器健康狀態的記錄。這種通過寸口脈來判斷臟腑健康的方法，盡管診籍並非脈學診斷專著，因而記錄得不全面細致，但淳於意確實是以這種方法來診斷內臟病癥的。如他的診籍中載有“心脈濁躁”、“肝脈弦”、“腎脈主濁”等，表明他從脈象上判斷出內臟的病狀。這可以說是開中醫以寸口脈分候內臟病癥的先河。