1954年9月，國家對私營的古舊書店（攤）進行社會主義改造，成立了上海圖書發行公司。上海圖書發行公司即上海圖書公司的前身。
1984年11月，經上海市新聞出版局轉報上海市委宣傳部批準，1985年1月起上海書店改名上海圖書公司，出版圖書及部分門市部仍用上海書店名稱。
1999年2月，上海世紀出版集團成立，公司（含上海書店出版社）為成員單位之壹。
2004年6月，公司所屬藝術書坊裝修壹新開業。
2006年10月，上海古籍書店由福州路424號遷址福州路401號。